В 1555 г. разразилась братоубийственная война между Исмаилом и Юсуфом. Последний был убит, а его сын бежал в Крым. Турецкий султан и крымский хан решили поддержать Ямгурчея, а также сыновей Юсуфа и тех ногайских князей, которые были с ними. Экспедиционный корпус крымских татар и турецких янычар напал на Астрахань, но был отброшен Дервишем-Али с помощью русских казаков и ногайцев Исмаила.
Однако Дервиш-Али перебежал на крымскую сторону. Затем московское правительство отправило в Астрахань войска стрельцов казаков. В этот момент сыновья Юсуфа заключили мир со своим дядей Исмаилом, и вместе они организовали погоню за Дервишем-Али, бежавшим в Азов. Астраханцы поклялись в верности царю Ивану IV. Астрахань была присоединена к России (1556 г.).
Русское завоевание Казани и Астрахани сильно подействовало на татар и иные племена к востоку от Волги и на Северном Кавказе. В 1555 г. хан Тюмени Ядигар отправил своих послов к царю Ивану IV, чтобы поздравить его с успехами и просить царя принять Сибирь под свою защиту.
В том же году в Москву прибыли несколько кабардинских князей – просить царской помощи против турецкого султана и крымского хана. Двумя годами позже два кабардинских князя, Темрюк и Тизрют, появились в Москве, предлагая услуги на царской службе и прося защиты от шамхала (князя) Тарки, который правил горной территорией, прилегающей к восточному берегу Каспийского моря на север от Дербента. Характерно, что шамхал в свою очередь отправил в Москву послов, чтобы заключить союз против кабардинцев.176
В конце 1554 г. московское правительство ощутило, что наиболее опасная стадия марийского восстания миновала. В мае 1555 г. энергичный князь Петр Иванович Шуйский был назначен наместником и воеводой Казани с огромными полномочиями. Стало возможным думать о консолидации государственной и церковной администрации в Казанском царстве на постоянной основе. Более того, суд над еретиками в Москве был почти закончен, и Макарий и другие чины церкви могли теперь обратить свое внимание на казанские церковные дела.
В 1555 г. была основана казанская епархия.
Непосредственной целью церковного установления в новой стране было обслуживание там духовных интересов русских – в первую очередь тех, кто служил армии, администрации, и купцов. В дополнение, однако, от церкви ожидалось проведение миссионерской работы среди татар (все они были мусульманами), финских и тюркских народов. Сюда включались подчиненные им племена, подобные марийцам и удмуртам, большинство из которых все еще были язычниками, последователями древних родовых культов. Крещение в Москве в 1553 г. бывших казанских царей, Утемыш-Гирея и Ядигара, было всего лишь первым шагом в этом направлении. Известно, что к 1555 г. в Казани и в ее округе существовало много вновь крещенных татар и марийцев.
Никакая широкомасштабная колонизация территории Казанского ханства не была возможна до конца 1550-х, ко времени которых всяческие восстания были подавлены. С другой стороны, в пограничных Районах Нижнего Новгорода, Мурома и Курмьша, которые постоянно разорялись казанскими татарскими рейдами до 1552 г., теперь стало спокойно. Эта территория немедленно привлекла крестьян из перенаселенных центральных районов московской территории.177
Решение основать епархию в Казанском царстве было одобрено Собором русских церковных иерархов, созванным совместно царем Иваном IV и митрополитом Макарием. Поскольку число верующих во вновь покоренном районе было мало, Вятские земли и также Свияжск были сделаны частями новой епархии. Настоятель Гурий из Селижаровокого монастыря (Тверская земля) был избран (жребием) и рукоположен в сан архиепископа Казани и Свияжсжа 3 февраля 1555 г.
Гурий был человеком глубоко духовным, но нездоровым. Он принял Казанскую епархию как крест. Двумя его главными помощниками были монахи Герман Полев и Варсонофий. Следует вспомнить, что Герман был одним из следователей по делу ереси Башкина. Он был рукоположен в сан архимандрита Свияжского монастыря. Варсонофий, сын серпуховского священника, был до своей казанской миссии настоятелем Песношского монастыря (где царь Иван IV посетил Вассиана Топоркова в 1553 г.). Варсонофий последовал за Гурием в качестве архимандрита Преображенского монастыря в Казани. В юности Варсонофий был схвачен крымскими татарами в ходе одного из их набегов на Россию и провел три года в плену. Здесь он выучил татарский язык и хорошо познакомился с догматами ислама. Таким образом, он был подготовлен к миссионерской деятельности в Казани.
Для поддержания Казанской епархии царь выделил земли в казанском регионе, равно как и десятину государственного дохода Казанского царства. Кроме того, последовало повеление, что митрополит, епископы и монастыри по всей Московии должны помочь новой епархии сбором денег и зерна.178
В Москве велась тщательная подготовка миссии Гурия и его сопровождающих в Казани. Путешествие Гурия заранее планировалось как торжественное шествие православного христианства по завоеванной стране.179