Богдан Бельский и Петр Басманов стали главными русскими советниками Дмитрия. Не меньшее влияние имели два его польских секретаря, братья Ян и Станислав Бучинские. Для Дмитрия было важно иметь доброжелателя на патриаршем престоле (Иова сместили еще до приезда Дмитрия в Москву). Человека достаточно сговорчивого нашли в лице архиепископа рязанского Игнатия, грека с Кипра. Его поспешно возвели в сан патриарха. Монаха Филарета (Федора Никитича Романова) назначили тогда митрополитом рязанским.
Земельные наделы и денежные пособия среднему и низшему дворянству (дворянам и детям боярским) за военную службу удвоили. Простолюдинов, включая беглых крестьян и холопов (большое количество которых присоединилось к армии Дмитрия в конце 1604-1605 гг.), с военных постов сместили.
7 января 1606 г. Дмитрий подтвердил указ царя Бориса от 1597 г., который дал хозяевам более широкие полномочия по отношению к их холопам по контракту (кабальным холопам).539
1 февраля 1606 г. вышел другой указ, касающийся беглых крестьян, покинувших владения, к которым были прикреплены, из-за того, что не получали от хозяев помощи в голодные годы. По этому указу владелец терял право требовать беглых обратно, если прошло более пяти лет. Это означало, что крестьяне, выехавшие до 1601 г. в большинстве случаев в южные пограничные районы и осевшие там в боярских и дворянских поместьях, должны были оставаться у своих новых хозяев.
Дмитрий наградил своих главных военных сторонников в кампании против царя Бориса – донских казаков, но в дальнейшем отказался от их услуг и взял с собой в столицу только небольшой казачий отряд. Казацкие предводители ожидали от Дмитрия иного отношения – им хотелось играть активную роль в правительстве.
Поэтому терские казаки, не принимавшие участия в походе 1604 г., выдвинули собственного претендента на трон, к которому также присоединились донские казаки. Он назвал себя царевичем Петром, якобы сыном царя Федора (такого никогда не существовало).
Даже неделю поучившись в хорошей школе (в Гоще) и пообщавшись с западнорусской, литовской и польской знатью, Дмитрии понимал значение образования и планировал посылать молодых русских за границу для учебы в иностранных университетах (в этом он опять следовал политике царя Бориса).
На некоторых его подданных личность и действия Дмитрия производили благоприятное впечатление. Он был доступен для народа и часто гулял по московским улицам без охраны и всякой помпы. Многие русские, однако, особенно из высших классов, критиковали его подобные манеры, противоречившие сложившейся московской традиции. Кроме того, как духовенство, так и миряне были недовольны пренебрежением Дмитрия православной церковью и ее правилами. Несмотря на то, что он хранил в секрете свое обращение в католичество и представлял себя православным, он редко посещал церковные богослужения и не соблюдал постов. Его расположение к иностранцам, особенно к полякам, и милости, им оказываемые, раздражали многих русских, которые чувствовали себя оскорбленными.
Враги Дмитрия, особенно бояре искусно использовали в пропаганде против него народное недовольство. Затевая заговор против Бориса и подготавливая появление самозванца, они видели в Дмитрии средство для свержения Бориса и хотели сделать из него марионеточного царя, от чьего имени они бы правили Московией. Их сразу же постигло разочарование, поскольку Дмитрий всерьез намеревался стать правителем и имел достаточно способностей и жизненных сил, чтобы добиться своего.
Тогда бояре решили, что им необходимо, пока не поздно, избавиться от Дмитрия. Уже на следующий день после вступления Дмитрия в Москву князь Василий Шуйский через своих людей начал тайно информировать москвичей, что настоящий Дмитрий умер в Угличе в 1591 г., а трон занимает бессовестный самозванец.
23 июня замысел Шуйского был раскрыт, его арестовали и судили собором духовенства, бояр и посадских. Его приговорили к смерти, однако Дмитрий заменил смертный приговор на ссылку. Еще до того, как Шуйский добрался до места ссылки, его простили и позволили ему вернуться в Москву. Если Дмитрий надеялся своим великодушием завоевать расположение Шуйского, то просчитался. Этот опыт на некоторое время сделал Шуйского более осторожным, но ни он, ни другие бояре не отказались от своих планов.
Теперь они вступили в тайные переговоры с королем Сигизмундом, используя для этой цели одного из курьеров, поддерживающих связи Дмитрия с Польшей, Ивана Безобразова. Официальная миссия Безобразова заключалась в том, чтобы потребовать от поляков признания притязаний Дмитрия на титул императора, но в тайных переговорах курьер сообщил Сапеге, что Шуйские, Голицыны и другие бояре не могут далее терпеть давление самозванца, намерены свергнуть его и просят короля дать Московии в цари своего сына Владислава.