Так, в Соловецком монастыре вспыхнуло восстание, поднятое теми, кто не счел уместным раскаяться. Поскольку монастырь располагался на Большом Соловецком острове посреди Белого моря и представлял собой мощную крепость, а «гарнизон» его составляли люди решительные и убежденные в своей правоте, правительственные войска на протяжении нескольких лет не могли его взять. Когда проникнуть в обитель все-таки удалось, ее защитники были подвергнуты жестокой расправе. Позднее, в 1682 году, старообрядцы выступили вдохновителями и наставниками взбунтовавшихся стрельцов. Прямо посреди мятежа происходил жаркий диспут между идейным вождем староверов Никитой Пустосвятом с товарищами и просвещенным книжником, церковным публицистом Афанасием, архиепископом Холмогорским, а также другими православными иерархами; дошло до рукоприкладства. После подавления бунта Никите Пустосвяту отсекли голову. В том же году в Пустозерске были сожжены виднейшие духовные лидеры старообрядчества: протопоп Аввакум, инок Епифаний, дьякон Федор и поп Лазарь.
После поражения Соловецкого восстания и разгрома стрелецкого бунта старообрядцы больше не предпринимали попыток масштабного вооруженного сопротивления властям. В 1685 году, при царевне Софье, правительство издало указ из 12 статей о суровой борьбе с любыми проявлениями «старой веры». Ее поборникам оставалось удалиться в области глухие и отдаленные, чтобы там основать общины, построить храмы и вести богослужение по старому обряду. Так большие поселения староверов появились на Дону и в Прикубанье, на Русском Севере, по реке Керженец в нижегородской земле, а также в районе Стародуба и Гомеля (на территории Великого княжества Литовского). Позднее «старая вера» распространилась в Сибирь и Америку.
Иной раз государство обходилось со старообрядцами весьма жестоко. В ответ радикально настроенные согласия проповедовали самосожжения и иные формы коллективного самоубийства – лишь бы не подчиниться «антихристу», который, по их представлениям, уже явился в мир и взялся калечить древнее благочестие. Так, в XVIII столетии появились филипповцы, видевшие в самосожжениях избавление. Столь же радикально были настроены и нетовцы, или, иначе, «Спасово согласие». Настоящий «бегун» (а они в небольшом количестве сохранились до настоящего времени) не может иметь паспорт или иные документы, не должен где-либо ставить подпись. Он живет на территории Российского государства, но не в Российском государстве, сколь бы парадоксально это ни звучало.
Русская историческая литература страшно перекошена в сторону сочувствия несчастным, «измученным властью» староверам. Существуют эвересты и эльбрусы статей на тему о гонениях со стороны царского правительства и официальной церкви на старообрядческое сообщество. То и дело слышишь эпический плач о горестях людей, «сохранивших истинную веру». Более того, в среде русской интеллигенции глубоко укоренилось мнение, согласно которому только у старообрядцев-то и осталась «чистая древняя вера», которую они «держат по всей строгости». Но, во-первых, в Символе веры православной сказано: «Верую. во едину святую, соборную и апостольскую Церковь». То есть церковь у православных – предмет веры. Не папа римский, ex cathedra возглашающий некие идеи, считающиеся у католиков непогрешимо верными, а вся церковь, решения которой озвучиваются и утверждаются соборно