В середине мая произошел инцидент, который мог бы стать проверкой работоспособности системы ПВО, в том числе ПВО Москвы. 15 мая в Москву прибыл внерейсовый германский самолет Junkers Ju 52/3m с бортовым номером 7180, который в 13:53 вылетел из Кёнигсберга и, пролетев над Белостоком, Минском и Смоленском, приземлился на Центральном аэродроме в Москве, сделав перед этим несколько кругов над стадионом «Динамо», где шел футбольный матч. Отметим, что, согласно записке Мехлиса о результатах расследования, у «фирмы» было разрешение на пролет по маршруту Кёнигсберг – Москва, действовавшее до 15 мая. Однако перед вылетом необходимо было уведомить органы советской власти, а те должны были указать маршрут полета. Но полет состоялся безо всякого уведомления, а посты ВНОС прозевали самолет, приняв его за свой. Цель полета так и осталась загадкой, но, по имеющимся немецким данным, в марте 1941 года в СССР было поставлено три аналогичных самолета, и № 7180 должен был быть поставлен в мае. На это указывает и то, что летчиков разместили в гостинице «Националь», а общались с ними представители Наркомата внешней торговли.
Тем не менее несанкционированный пролет стал поводом для оргвыводов и репрессий. 10 июня Тимошенко подписал приказ «О факте беспрепятственного пропуска через границу самолета Ю-52 15 мая 1941 г.», в котором, в частности, говорилось:
Уже в мае генерал-майора Тихонова на посту командира 1-го корпуса ПВО заменил Даниил Арсентьевич Журавлев. Считается, что именно этот полет стал поводом для репрессий в отношении ряда генералов ВВС, многие из которых были расстреляны осенью 1941 года.