Все началось из-за разногласий между крупнейшими акционерами и клиентами "Югорского" компаниями "Мегионнефтегаз" и "Нижневартовскнефтегаз". После того как от Кантора ушел "Мегионнефтегаз", его примеру последовал "ЛУКойл". Обеспокоенные действиями солидных компаний, поспешили перевести счета из "Югорского" и более мелкие клиенты. Но по-настоящему черные дни для детища Кантора наступили в тот момент, когда первым заместителем главы Министерства топливно-энергетической промышленности РФ назначили генерального директора "Мегионнефтегаза" Анатолия Фомина. Инвестиционные счета министерства были переведены в "Империал" и "ИнтерТЭКбанк". Нефтяной фонтан, так долго питавший банк "Югорский", иссяк… Тем не менее "Югорский" по-прежнему считался крупным российским банком. Его основные структуры базировались в Москве, а филиалы располагались в Нефтекамске, Махачкале, Тюмени, Ханты-Мансийске и поселке Радужном Тюменской области. Банк занимался доверительным управлением ценными бумагами инвесторов, выпускал и обслуживал пластиковые кредитные карточки "Еврокард", осуществлял процентное финансирование и продажу валюты, проводил международные расчеты и все виды документальных операций. С начала 1995 года "Югорский" находился в тяжелейшем финансовом положении в связи с несвоевременным возвратом кредитов - около 200 миллиардов рублей. Кантор, пытаясь хоть как-то выправить ситуацию, вплоть до дня своей гибели вел переговоры с "Российским кредитом" о выделении 50 миллиардов рублей. Условием получения денег был залог здания банка "Югорский". Но и здесь Кантора постигла неудача. В связи с тем, что здание было арендовано у московского "Нефтяного дома" и документы остались непереоформленными, кредит он так и не получил.
С марта по апрель началось сокращение штатов "Югорского". Затянуть потуже пояс пришлось и руководству банка. В частности, по личному указанию Кантора была снята круглосуточная охрана дачи в "Снегирях". Раньше в доме постоянно находился кто-нибудь из секьюрити, пока не приезжал хозяин или его супруга. Установлено, что за три дня до убийства Кантор распорядился пост охраны с дачи убрать. Однако, по свидетельству очевидцев и сотрудников банка, никаких конфликтных ситуаций между служащими и администрацией "Югорского" не возникло, так как о предстоящем сокращении штатов всех уведомили за несколько месяцев. Среди конфликтов, связанных с финансовой деятельностью банка, выделялись три наиболее значимых. В начале июля, за две недели до трагедии в "Снегирях", один из дилеров "Югорского", по поручению руководства банка, оформил сделку на покупку 1 миллиона 300 тысяч долларов США у "Профессионального банка" (в переводе на рублевый эквивалент свыше шести миллиардов рублей). "Профессиональный банк" выполнил условия сделки и указанную сумму долларов "Югорскому" перевел. Последний же деньги, в счет полученной валюты, так и не перечислил. Из-за этого к Кантору неоднократно приезжали представители "Профессионального банка" и просили вернуть долг в соответствии с условиями договора.
Но и сам Кантор являлся жертвой недобросовестных партнеров по финансовой деятельности. Еще в конце мая он обращался в правоохранительные органы и Центробанк России с заявлением о принятии соответствующих мер к бывшим директорам московского и махачкалинского филиалов "Югорского", которые с помощью дебетовых авизо присвоили более 30 миллиардов рублей. Сложные отношения сложились у Кантора и с руководством объединения "Томскнефть". "Югорский" закрыл у себя финансовый валютный счет объединения. Среди клиентов банка от томского предприятия сохранилось лишь московское представительство. Это дало повод работникам "Томскнефти" скептически отзываться как о предприимчивости банка "Югорский", так и о его руководителе.
Выяснилось также, что "Югорский" довольно длительное время должен был около восьми миллиардов долларов Нижневартовскому объединению. Однако увязать полученную информацию со случившимся в ночь на 20 июля сыщикам не удалось. Финансовая ситуация, в которой оказался Кантор, была нелегкой, но вряд ли кто-нибудь из партнеров банкира имел в его отношении столь радикальные планы… Отдельно проверялись владельцы машин, находившихся на территории дома отдыха в день убийства. Была проведена выборка автомобилей, проезжавших в сторону Москвы и от нее мимо стационарных постов по шоссе Москва-Рига, Москва-Волоколамск и по второму бетонному кольцу с полуночи до шести утра. В процессе изучения образа жизни банкира выявлены лица, постоянно бывавшие гостями на его даче. Один из свидетелей заявил, что во время ночных застолий иногда можно было видеть бегающих с визгом мимо дачи раздетых догола молодых женщин. Но с уверенностью утверждать причастность хозяев к этим пирушкам свидетель не смог.