Первоначальными собственниками нефти и газа являются 312 нефтегазодобывающих предприятий и 55 их представительств и подразделений, располагающихся на территории России. Беларуси, Казахстана, Узбекистана и Украины. Они продают и перепродают нефть и газ на внутренних и внешних рынках стран, где расположены структуры комплекса На территории России находятся 264 нефтегазодобывающих предприятия и 54 их филиала. Между 167 нефтегазодобывающими структурами распределены 1136 лицензий на разведку и 875 лицензий на разработку месторождений, а также 261 район, участок и площадь, перспективные для изысканий в этом направлении.
Нефтегазопереработкой занимаются 138 предприятий и 20 их филиалов. К ним относятся нефтегазоперерабатывающие заводы, нефтемаслозаводы, нефтехимические производства. Комплекс состоит также из системы нефтепродуктообеспечения, куда входят нефтебазы и торговые организации. Сюда же относятся предприятия, транспортирующие сырую нефть и продукты ее переработки. В России активно работают 43 представительства иностранных нефтяных компаний и 3 их филиала. Интересы российской стороны в экспортно-импортных операциях на нефтяном рынке представляют 147 банков, а 258 банков, 6 их филиалов и 48 инвестиционных компаний занимаются нефтяным и газовым бизнесом. В нефтегазовый комплекс структурно входят 114 теплоэлектростанций - крупнейших конечных потребителей мазута, 6 авиапредприятий, потребляющих авиакеросин, производители и продавцы оборудования, аудиторские и консультативные компании, сервисные и инженерные компании, производящие техническое, юридическое и научное обслуживание.
Лицензии на разведку и разработку более чем тысячи месторождений нефти и газа России пока находятся в стадии оформления или принадлежат банкам и мелким национальным, местным и частным компаниям. Они в основном не могут самостоятельно разрабатывать месторождения. На выдачу лицензий влияет политическая борьба, интересы местной и федеральной администраций и сам процесс формирования крупных интегрированных нефтегазовых компаний. За последние пять лет, в особенности с началом процессов акционирования и приватизации, прослеживается тенденция сращивания различных предприятий нефтегазового комплекса с криминальными структурами. Последние вкладывают в нефтебизнес теневой капитал с целью получения возможной сверхприбыли, при помощи шантажа и запугивания вымогают деньги у руководителей предприятий. В свою очередь, руководители прибегают к помощи бандитских "крыш" для получения выгодного контракта, устранения сильного конкурента или внедрения на уже занятое кем-то место на рынке нефти и газа.
Начиная с 1991 года в России отмечается рост заказных убийств. Их число выросло за этот период в десять раз. По неполным данным за 1966 год (подсчет идет на основании фактически раскрытых преступлений), в России совершено 570 убийств по заказу. Многие жертвы имеют непосредственное отношение к нефтегазовому комплексу. Большая часть преступлений совершается в регионах, где сконцентрированы газонефтеперерабатывающие предприятия: Москва, Московская, Самарская, Тюменская области, Краснодарский край. Трудность раскрытия таких убийств объясняется чрезвычайными мерами предосторожности и изощренности организаторов и исполнителей. Разработка и выполнение преступлений продумываются до мельчайших деталей, заранее готовятся надежные алиби, тщательно скрываются следы преступления, а иногда и тела жертв…"
По официальным данным МВД РФ, с 1991 года совершено 16 заказных убийств руководителей различных фирм и предприятий, входящих в структуру нефтегазового комплекса России. Раскрыто лишь пять преступлений. Однако эти цифры вряд ли даже с натяжкой можно считать точными. Уже с упоминавшимся "Нефсамом" связывают более пятидесяти убийств. Но "Нефсам" не единственная компания, вокруг которой идет непрекращающаяся жестокая борьба.
27 декабря 1991 года в 19.00 в подъезде своего дома выстрелом в затылок убит директор Новокуйбышевского нефтеперерабатывающего завода И. Дик. Киллер стрелял из револьвера "Наган". Преступление до сих пор остается нераскрытым.
Не найдены убийцы и другого самарского предпринимателя - первого вице-президента АО "ЮКОС" В. Зенкина, зарезанного кухонным ножом в подъезде утром 1 октября 1993 года. А через десять дней в той же Самаре несколькими очередями из автомата АК-74 расстреляны директор фирмы "Омега" Г. Меркулова и ее водитель Ю. Еремин. Преступники скрылись на автомашине "мерседес" или "вольво"…