Еще в 1606 году, при Лжедмитрии I, в усыпальницу Спасо-Преображенского собора были свезены останки четырех братьев патриарха, удавленных в заточении в дальних монастырях. На надгробных камнях было коротко сказано: «Преставился в заточении от царя Бориса Годунова в Сибирском городе в Нырлу удавлен…» или: «От царя Бориса в Перми заключен в темницу, а вскоре удавлен» и так далее. Нельзя не пожалеть об уничтожении древних соборных усыпальниц с их такими выразительными, краткими надписями, порой ярче пространного описания дававшими почувствовать дух минувшего сурового времени. Ныне лишь в толстых томах дореволюционных изданий вроде «Исторического вестника», «Записок императорского Археологического общества» и трудах ученых, священников, добросовестно описывающих свои храмы, можно познакомиться с этими поминальными летописями, просто и беспристрастно свидетельствующими правду своего времени. На одном из погребальных камней в крипте древней Знаменской церкви имелась следующая надпись: «Лета 7109 апреля преставися раба Божия княгиня Евфимия болярина князя Ивана Васильевича Сицкого, во инокинях Евдокия; уморил в заточении повелением царя Бориса Михаилко Внуков; погребена в Сумском остроге Соловецкой обители».
Далее значится, что из острога останки старицы Евдокии были по повелению царя Михаила Федоровича перевезены в усыпальницу Новоспасского монастыря. Эти несколько строк словно выхватывают из смутно видимой нами картины прошлой жизни, на рубеже XVI – XVII веков, яркие и драматические эпизоды: тут и трагическая фигура Годунова, расправлявшегося со всеми, в ком видел соперников или недоброжелателей своей такой непрочной династии, и лютый образ какого-то Внукова, в чаянии подачки или милостей новоявленного самодержца взявшегося уморить беспомощную старуху, наконец, сама злосчастная княгиня, повинная лишь в принадлежности к клану, враждебному восторжествовавшему временщику… Они рисуют нам и мрачную обстановку в дальнем глухом монастыре, за стенами которого вершились тайные и жестокие дела, подсказанные беспощадной борьбой за власть…
Со времени царя Михаила Федоровича Новоспасский монастырь приобрел формальный статут государевой крепости: сюда был назначен постоянный гарнизон из сотни стрельцов под началом воеводы Петра Дашкова для «оберега от налетов крымцев и ногайцев». Для постройки каменной ограды и башен из разных монастырей и городков были затребованы каменщики. Они селились небольшими слободками поблизости от монастыря. Так возникали в Москве поныне существующие названия улиц Большие и Малые Каменщики. Кроме укрепления возводились кельи, настоятельский корпус, хозяйственные постройки. Царем Михаилом была предпринята перестройка Спасо-Преображенского собора, отчасти из-за его ветхости, но главным образом чтобы его расширить. В романовской усыпальнице становилось тесно, царю же хотелось, чтобы «пресветлые родители все покоились под сводами».
Ряд монастырских построек возведен заботами патриарха Филарета: патриаршие палаты (в значительно перестроенном виде сохранившиеся и поныне), а также «Филаретовская» колокольня с приделом в честь святого Саввы, день празднования которого пришелся на день освобождения патриарха из польского плена (разобраны в XVIII веке). Федор Никитич Романов, ставший патриархом Филаретом в 1608 году, в 1610 году возглавлял «великое посольство» к Сигизмунду III, был задержан поляками и пробыл в Варшаве девять лет. Оттуда он отписывал в Москву, чтобы при переговорах о выкупе его из плена за него не отдавали «ни пяди русской земли»!
Начатое при Михаиле Федоровиче огромное строительство в монастыре было завершено уже при его сыне, по праву считавшемся первым радетелем благосостояния и украшения Новоспасского монастыря. Никто не сделал столько вкладов, не пожертвовал такого количества икон – более двухсот, – утвари, облачений, не отписывал ему столько вотчин, мельниц, рыбных ловлей, как «благоверный государь, царь всея Руси Алексей Михайлович», точно знал он, что суждено ему стать последним богомольным и приверженным церковному благолепию царем. Всего четверть века спустя начнутся кощунственные действа всешутейного собора его сына!
Еще при царе Михаиле были заведены постоянные посещения Новоспасского монастыря. Постепенно выработался и церемониал этих царских богомолий за пять верст от Кремля. В дворцовых книгах находим дотошно записанные обиходные подробности. Вот одна из таких записей 1633 года: «Января 23 день. Ходил государь ко Спасу на Новом к вечерней панихиде. А на государе было платья: шуба санная, сукно темно-вишневое; зипун комнатный, шапка, сукно вишнево с тафтяными петли; да в запас отпущено: стул сафьяновый, подножье теплое меньшое, кебеняк лундыш[7]
вишнев, три суконца кровельных. У запасных саней был стряпчий Павел Клементьев да портной мастер Ондрошка Иванов».