Администрация президента РСФСР была создана в августе 1991 года. Ее руководителем стал Ю.В. Петров, сменивший в 1985 году Ельцина на посту первого секретаря Свердловского обкома КПСС, а в 1988–1991 годах работавший послом СССР в Республике Куба. Он 6 апреля 1992 года подал заявление о своей отставке: «Глубоко убежден, что развернувшаяся в последнее время кампания по огульному обвинению всех бывших номенклатурных кадров в противодействии демократическим реформам не соответствует действительному положению дел и ведет лишь к дестабилизации обстановки в обществе, а меня, в частности, лишает возможности выполнять свои обязанности в полной мере». Ельцин отставку не принял, он любил сам отправлять людей в отставку. В начале 1993 года Борис Николаевич заменил Петрова С. Филатовым.
И Бурбулис, и Петров распрощались с властными структурами без обиды, они возглавили фонды и корпорации, которые хорошо их кормили.
Секретариат Ельцина в июле 1991 года возглавил В.В. Илюшин, длительное время служивший помощником Ельцина в бытность его первым секретарем Свердловского обкома КПСС. Сменив несколько должностей, он с 14 августа 1996 года по 17 марта 1997 года работал первым заместителем председателя Правительства РФ. В декабре 1997 года стал председателем совета директоров «Газпром-Медио». Сослуживцы отмечали, что на любой должности Виктор Васильевич оставался исполнительным сереньким человеком.
С августа 1991 года стал советником президента РСФСР по экономическим вопросам Ю.В. Скоков, позже работавший секретарем Совета безопасности (22 мая 1992 года — 10 мая 1993 года). Со временем он заимел много сторонников в регионах и стал значимой личностью, даже начал возражать своему патрону. В марте 1993 года Скоков вступил в открытый конфликт с президентом РФ, отказавшись завизировать проект президентского указа о введении Особого порядка управления страной, противоречащего действующей Конституции. Тогда Ельцин избавился от него.
В большую политику шагнул А.Б. Чубайс. Он 10 ноября 1991 года был назначен председателем Государственного комитета по управлению государственным имуществом и проработал на этой должности до 5 ноября 1994 года. Министр финансов Борис Федоров писал о нем: «Для характеристики Чубайса, на мой взгляд, наиболее подходят слова “железный”, “собранный”, “точный как часы”, “обязательный”. У большинства людей, имевших опыт общения с ним, он всегда вызывал уважение (но редко — симпатию). У оппонентов Чубайса его жесткость и целеустремленность вызывали ненависть, раздражение, но одновременно и уважение к его силе». Чубайс 1 июня 1992 года назначен заместителем председателя Правительства РФ по вопросам экономической и финансовой политике. Он также сохранил за собой прежний пост председателя Государственного комитета по управлению государственным имуществом. Администрация президента РФ стала таким же значимым то ли партийным, то ли государственным аппаратом, как ЦК КПСС. Ее сотрудники стали контролировать все другие органы власти, занимались подготовкой стратегических решений государственной политики. Вадим Печенов, работавший и в аппарате Администрации президента РФ, и ЦК КПСС, писал: «Мне бросилось в глаза, что этот аппарат меньше был готов к выполнению задач, которые перед ним ставились, чем аппарат ЦК. Президентская команда была перегружена огромным количеством документов».
Для Правительства РФ было гораздо сужено поле деятельности по сравнению с Советом Министром СССР не только потому, что обслуживало оно одну республику вместо бывших пятнадцати, но из-за ухода из-под его контроля многих приватизированных предприятий.
С силовыми министерствами на продолжение всей эпохи правления Ельцина проходила невообразимая чехарда, которая никак не способствовала спокойной профессиональной работе этих ведомств. Конституционный суд РФ 14 января 1992 года единогласно признал указ президента РФ «Об образовании Министерства безопасности и внутренних дел РСФСР» (слияние МВД и АФБ), подписанный 19 декабря 1991 года, не соответствующим Конституции РСФСР. На следующий день Ельцин отменил свое решение о создании Министерства безопасности и внутренних дел. В.В. Бакатин освобожден от должности руководителя Межреспубликанской службы безопасности СССР, В.В. Иваненко — генерального директора Агентства федеральной безопасности, А.Ф. Дунаев — министра внутренних дел; Виктор Баранников назначен председателем Агентства федеральной безопасности, Виктор Ерин — министром внутренних дел.
Президентский указ от 24 января 1992 года «Об образовании Министерства безопасности РФ» на базе Агентства федеральной безопасности и Межреспубликанской службы безопасности. Министром безопасности назначен В.П. Баранников.