Борис Березовский 5 ноября 1997 года освобожден от должности заместителя секретаря Совета безопасности «в связи с переходом на другую работу». Совет глав государств СНГ назначил его 29 апреля 1998 года исполнительным секретарем СНГ.
Информационные агентства 27 ноября 1998 года распространили заявление директора ФСБ В.В. Путина по поводу публикации открытого письма Б. Березовского о якобы готовившемся на него покушении и причастности к этому сотрудников ФСБ. Путин в резкой форме отверг эти обвинения.
Обыскам 4 февраля 1999 года были подвергнуты коммерческие структуры, имевшие деловые отношения с компанией «Аэрофлот» и лично с Б.А. Березовским.
Государственная Дума 19 февраля 1999 года приняла обращение к главам государств СНГ с предложением освободить Б.А. Березовского от должности исполнительного секретаря СНГ, как «одиозной фигуры». Он 5 марта был уволен с этого поста.
Генеральная прокуратура 5 апреля 1999 года дала санкцию на арест Б.А. Березовского, первого заместителя генерального директора «Аэрофлота» Н. Глушкова и бывшего генерального директора «СБС-Агро» А. Смоленского. Все они обвинялись в незаконной предпринимательской деятельности, отмывании денег, финансовых махинациях в крупных размерах, хищениях крупных финансовых средств. Заранее предупрежденный об этом Березовский скрылся из России. Генеральная прокуратура уже 14 апреля отменила свое постановление об аресте Березовского.
Следственный комитет при МВД 20 апреля 1999 года отменил постановление об аресте А. Смоленского.
В помещение Генеральной прокуратуры на Мясницкой улице 26 апреля 1999 года явился на допрос Березовский. Ему были предъявлены обвинения и взята подписка о невыезде из Москвы.
Газета «Комсомольская правда» 5 июня 1999 года сообщала: «Это была пресс-конференция триумфатора. Великий и ужасный Борис Березовский прибыл в центральный офис “Интерфакса” в черном 600-м “мерсе”, на котором висели почему-то трехцветные “правительственные” номера и “мигалка”. Наконец-то БАБ не отказался признать, что “участвовал в борьбе политических групп” за формирование правительства, и что он выиграл эту борьбу “процентов на 70”. Наконец он публично высказал, что у него “очень хорошие отношения с Дьяченко, Юмашевым и Волошиным”, а главное — что он действительно, в полном соответствии с распространявшимися в прессе слухами, имеет возможность регулярно обсуждать с ними перипетии российской политики. Лидеры ведущих парламентских партий и федеральные министры месяцами ожидают аудиенции у высших чиновников государства. Но для Березовского, не занимающего никаких должностей, у кремлевских ворот ежедневно зеленый свет. Стало быть, самый теневой из всех теневых московских заправил наконец подтвердил: наша власть — это кухонный междусобойчик людей, контролирующих государственные финансовые потоки».
Уже в 1994 году стало заметно, что власть в стране принадлежит ведущим банкирам и предпринимателям. Среди них: В. Гусинский (группа «Мост»), А.
Смоленский (банк «Столичный»), М. Ходорковский («Менатеп-банк»), В. Потанин («ОНЭКСИМ банк»), Б. Березовский («ЛогоВАЗ»), М. Фридман («Альфа-банк») и В. Виноградов («Инкомбанк»), Их называли «семибоярщина», по аналогии с правительством семи бояр периода 1610–1612 года. Чуть позднее к ним присоединился Р. Абрамович, до этого прятавшийся за спиной Б. Березовского.
Ельцин 1 декабря 1994 года за обедом с А. Коржаковым и М. Барсуковым высказался по поводу банкира и владельца НТВ Владимира Гусинского: «Зацепитесь за что-нибудь, преследуйте его везде, не давайте ему прохода. Создайте ему такую атмосферу, что у него земля под ногами горела». Не долго думая, на следующий день собеседники президента «зацепились». Вооруженное автоматами с глушителями подразделение Службы безопасности президента РФ, одетое в камуфляжную форму, в 18.00 у здания мэрии на Новом Арбате положили лицом в снег сотрудников охраны главы банковской группы «Мост», владельца телекомпании НТВ Владимира Гусинского. Эта сцена была заснята кинооператорами и показана по НТВ, из чего возник скандал.