Возбуждено 24 января 1995 года уголовное дело против московского филиала религиозной секты «АУМ Синрикё», открытого в сентябре 1992 года. Но судебный процесс против руководителей филиала не состоялся — их выпустили на свободу.
Арестована 7 июля 1995 года Валентина Соловьева — хозяйка финансовой пирамиды «Властелина», обманувших 26 тысяч вкладчиков на 543 миллиарда рублей. В общей сложности следствие и суд продлились пять лет. В 1999 году за мошенничество в особо крупных размерах ее приговорили к 7 годам лишения свободы с конфискацией имущества. Она вышла на свободу 17 октября 2000 года.
Газета «Комсомольская правда» 15 июля 1995 года сообщала: «Вчера был приговорен к высшей мере наказания 21-летний Алексей Чайка — убийца, орудовавший в Москве. Его тактика была проста: выслеживая хорошо одетых дам, он заходил вместе с ними в лифт и набрасывался с ножом. Жестокость его не знала предела: одна из женщин скончалась после 18 ударов. Всего за несколько месяцев “работы” зимой прошлого года Чайка убил четверых москвичек».
В ночь на 20 мая 1996 года арестован президент Национального фонда спорта Борис Федоров. В его служебной машине был обнаружен пакетик с наркотическим препаратом. Пока он находился в СИЗО, его сняли с прибыльной спортивно-торговой должности. После освобождения через несколько недель под подписку о невыезде, на него было совершено покушение — пуля прошла навылет через живот. Он прожил еще три года и унес с собой в могилу тайны коммерческой деятельности множества спортивных организаций.
В аэропорту Шереметево-2 после возвращения из Турции в мае 1996 года был арестован мэр Грозного Бислан Гантамиров. Его приговорили к шести годам тюремного заключения за хищение и растрату государственных средств, выделенных для восстановления Чечни. В ноябре 1999 года он был амнистирован указом Ельцина.
На Котляковском кладбище Москвы 10 ноября 1996 года в 11.35 была взорвана бомба большой мощности. Погибло 13 человек, около 80 человек получили ранения. Взрыв прогремел, когда председатель правления Российского фонда инвалидов войны в Афганистане (РФИВА) Сергей Трахиров произносил речь на могиле Михаила Лиходея. Ровно два года назад он был убит тоже радиоуправляемой бомбой. В этот раз «адская машина» была заложена под надгробную плиту одной из соседних могил. Среди погибших — Сергей Трахиров, вдова Михаила Лиходея — Елена Краснолуцкая, руководители региональных организаций РФИВА. Большинство погибших были похоронены там же, где их убили.
Газета «Вечерняя Москва» 17 мая 1997 года сообщала: «Генеральная прокуратура РФ предъявила председателю Фонда инвалидов войны в Афганистане Валерию Радчикову обвинение, как заказчику взрыва на Котляковском кладбище 10 ноября прошлого года, которое унесло жизни 14 человек. Обвинение также предъявлено двум исполнителям взрыва. В настоящее время все трое задержаны, дана санкция на их арест».
Газета «Вечерняя Москва» 2 апреля 1999 года сообщала: «Вчера военный суд МВО назначил дату начала слушания по делу о взрыве на Котляковском кладбище. Перед судом предстанут три человека: Анохин, Смуров и Радчиков. Двое первых обвиняются в исполнении теракта, унесшего четырнадцать жизней, Радчикову же вменяется организация этого преступления. Суд должен начаться 20 апреля». Бывший министр внутренних войск РФ А.С. Куликов вспоминал: «Предполагаемый заказчик преступления и его предполагаемые исполнители были арестованы и предстали перед судом. Доказательств их участия было немало, но суд посчитал их недостаточными, чтобы признать вину. Эти люди были оправданы и освобождены из-под стражи».
Скончался 23 января 1997 года в следственном изоляторе «Лефортово» известный вор в законе Павел Захаров (Паша Циркуль). Держатель воровского общака, он был арестован 15 декабря 1994 года за контрабанду наркотиков, но до суда не дожил.
Арестован и доставлен в следственный изолятор «Лефортово» 21 мая 1997 года заместитель министра обороны генерал армии Константин Кобец. Ему было предъявлено обвинение в получении взятки в размере 1 миллиард 400 миллионов рублей и незаконном хранении огнестрельного оружия. В 1998 году генерал признал свою вину и был освобожден из-под стражи под подписку о невыезде. В 2000 году его уголовное дело было прекращено по амнистии.
Комиссия специалистов 1 октября 1997 года представила президенту США Клинтону доклад об угрозе российской преступности для национальной безопасности США. В нем говорилось: «Растущее взаимодействие между российскими и колумбийскими преступными организациями является самой опасной тенденцией в контрабанде наркотиков в западном полушарии. Россия находится на грани превращения в преступную олигархию, контролируемую коррумпированными чиновниками и откровенными преступниками… В настоящий момент в России действует более восьми тысяч организованных преступных групп, включая более чем 200 организаций с преступными связями в 50 странах мира».