Начался 15 января вывод ядерного оружия с территории Украины в Россию. Вывезти предстояло 1900 ядерных боезарядов. Тактическое ядерное оружие было вывезено к лету 1992 года, боеголовки стратегических комплексов — к июню 1996 года.
Российское правительство 17 января приняло резолюцию о возвращении Андреевскому флагу статуса Военно-морского флага России.
В Кремлевском Дворце съездов 17 января открылось Всеармейского совещание представителей офицерского корпуса Вооруженных сил СНГ. Шел горячий спор о том, стоит ли сохранять единство Вооруженных сил СНГ. Несколько сот членов Союза офицеров и движения «Трудовая Москва» провели пикетирование совещания, выступая против разделения единых Вооруженных сил между республиками бывшего СССР.
Полковник Генштаба Виктор Баранец вспоминал: «Разъяренные офицеры с трибуны и с мест стали требовать приезда Ельцина. За ним тут же послали гонцов. Часа через полтора Ельцин приехал, его появление на трибуне офицеры встретили свистом и топотом. Это вместо аплодисментов, к которым Ельцин уже до того привык, что в ожидании их специально делал большие паузы между предложениями. А иногда и бросал реплики: “А теперь можно и поаплодировать”. Шапошников[96]
призвал офицеров к порядку. Кого-то из наиболее буйных охранники выволокли из зала. Когда президент стал говорить о каких-то тысячах долларов, которые смогут получить бесквартирные офицеры, чтобы построить себе коттеджи, его уже вообще не слушали. Шапошников объявил перерыв».После перерыва обвинения в предательстве интересов военных с особой силой зазвучали в адрес Шапошникова. В знак протеста министр обороны СНГ заявил, что готов подать в отставку, и покинул зал. После обеденного перерыва выступил Ельцин. Он пообещал сохранить единые вооруженные силы СНГ под общим командованием, много говорил о социальной защите военнослужащий. Его выступление несколько разрядило обстановку в зале.
Президентский указ от 27 января «О переходе Северо-Западной группы войск и Балтийского флота под юрисдикцию Российской Федерации с подчинением Главнокомандующему Вооруженными Силами СНГ». Генерал-полковник В. Миронов назначен уполномоченным Российской Федерации по вопросам временного пребывания и вывода войск и флота с территории Прибалтики.
Министр обороны СНГ маршал авиации Е.И. Шапошников
Ельцин и Е. Шапошников 28 января посетили Новороссийск. На крейсере «Москва» состоялась их встреча с командующим Черноморским флотом адмиралом Игорем Касатоновым и группой высших офицеров флота.
Президентский указ от 19 февраля «О мерах по усилению социальной защиты военнослужащих и лиц, уволенных с военной службы».
Газета «Вечерняя Москва» 19 февраля сообщала: «Экипажи шести военных бомбардировщиков, самовольно перелетевших с Западной Украины под Смоленск, не будут отданы под трибунал. Маршал Е. Шапошников заявил вчера также, что летчики не будут возвращены на Украину, как того хочет Леонид Кравчук. Судьбу самолетов решат переговоры».
25 февраля начался вывод частей Вооруженных сил бывшего СССР с территории Литовской Республики.
Первый заместитель генерального прокурора РФ Иван Землянушик 27 февраля представил офицерам и генералам Главной военной прокуратуры РФ их нового начальника — Валентина Паничева. До этого назначения он работал прокурором Ростовской области и, будучи сугубо гражданским юристом, никакого отношения к армии не имел. Освобожден от должности «по личной просьбе и по состоянию здоровья» в мае 1997 года.
Впервые 2 марта был создан опасный прецедент вооруженного нападения на российскую воинскую часть. Группа боевиков ворвалась на территорию воинской части, дислоцирующейся в Армении. В ходе перестрелки погибли несколько человек, а 10 офицеров были захвачены в качестве заложников и вывезены в неизвестном направлении. Благодаря решительности помощника министра обороны Объединенных Вооруженных сил СНГ генерала Н. Столярова, срочно вылетевшего в Ереван, заложники были освобождены. Руководство Армении отмежевалось от действий вооруженных экстремистов и принесло извинения за случившееся.
Последние российские солдаты 8 марта покинули азербайджанский город Степанокерт, где разгорелся вооруженный конфликт между армянами и азербайджанцами.
Президентский указ от 20 марта о переходе войск Прибалтийского пограничного округа под юрисдикцию Российской Федерации с подчинением главкому пограничных войск.
Ельцин 2 апреля заявил, что «в случае чьих-либо попыток одностороннего изменения статуса Черноморского флота Российская Федерация будет вынуждена взять его под свою юрисдикцию с последующей передачей в состав стратегических сил Содружества».
Ельцин 4 апреля подписал распоряжение «О государственной комиссии по созданию Министерства обороны, армии и флота Российской Федерации». Газета «Московские новости» сообщала несколькими днями позже об этом распоряжении: «Рожденный в аппаратной глубинке, этот странный документ, нашпигованный грубыми ошибками и неточностями, стал все же достоянием общественности».