Очень известна та семейная смута, в которой пришлось расти Петру. Поднятые дворцовыми интригами, московские стрелецкие полки, в мае 1682 года, устроили кровавую расправу над некоторыми боярскими кружками во дворце и в городе. Можно сказать, что первым сознательным впечатлением Петра, на десятом году его жизни, была эта бойня, вызванная враждой старших детей царя Алексея к их мачехе, матери Петра, и к ее родне. В дни бунта стрельцы окружали Петра и его мать, при них терзали и убивали их родню и бояр. Петр видел своими глазами кровь и мучения, трепетал от ужаса в толпе стрельцов и ждал от них себе смерти. Много лет спустя он признавался, что при одном воспоминании о стрельцах он весь дрожит: «помысля о том, заснуть не могу», — говорил он. Мучительны были дни бунта — три долгих дня убийств и насилий; но не менее мучительно было и последующее время. Стрельцы волновались все лето и всю осень 1682 года. Царская семья уехала от них из Москвы и странствовала в тревоге вокруг столицы по монастырям и дворцовым селам. Охраняя сына от стрельцов, Наталья Кирилловна должна была беречь его и от ближних недругов — его сестры Софьи и родных ей Милославских. Мальчик жил в постоянном страхе, хотя и носил сан царя. Не власть и почет принесло ему его воцарение, а ужасы и горе. Понятно, что когда захватившая власть Софья сочла возможным вернуться в Московский дворец по усмирении стрельцов, — то Петр с матерью не с охотой туда ехал. Кремлевские палаты и терема пугали молодого царя: они были залиты родной ему кровью; в них жить ему было жутко и страшно от явных и тайных врагов. Стоит хорошенько вдуматься в это, чтобы понять почему Петр никогда не любил Кремля и ненавидел стрельцов. Он с матерью предпочитал житье в подмосковных «потешных селах» (в дачных селах) и только по необходимости бывал в Москве. Для него и Москва, и Кремлевский дворец, и придворные люди стали чужды и неприятны. С холодом в сердце смотрел он на те величавые покои, в которых жили его отец и дед и в которых сосредоточивалась вся их государственная работа. Старая Москва совсем не была дорога Петру.
Прошло семь лет и между Петром и Софьею дело дошло до открытого разрыва. В августе 1689 года Петр испытал новый приступ страха. Он жил в Преображенском селе под Москвой; однажды ночью ему дали знать, что из Москвы от Софьи едут стрельцы убить его и что ему надо скорее бежать. Петр в испуге помчался в крепкий Троице-Сергиев монастырь, причем выскочил из своего дворца, не успев даже одеться. О нем официально одни говорили, что изволил он «итти скорым походом, в одной сорочке»; «царя из Преображенского согнали», прибавляли другие: «ушел он бос в одной сорочке». Правда, Софья не признавалась, что посылала стрельцов против брата; стрелецкий начальник дьяк Шакловитый тоже отрицал всякое покушение на Петра: «вольно ему взбесясь бегать», — с досадой говорил он про Петра. Но если даже допустить, что Петра вспугнули напрасно, все-таки он пережил тяжелые минуты и еще больше озлобился против старого московского порядка. Стрельцы понесли суровое наказание; Шакловитый был казнен; Софья должна была оставить правительство и уйти на житье в монастырь. Государство перешло в руки Петра. Однако, этим смуты в Москве не кончились. Через девять лет опять поднялся стрелецкий бунт, в то время, когда Петр был за границей. В августе 1698 года Петр, поспешно возвратился в Москву, произвел страшный «розыск» над стрельцами с сотнями пыток и казней и вовсе уничтожил стрелецкое войско. С необыкновенной жестокостью он лил целые реки крови, потому что считал это единственным средством одолеть своих недругов.
Так влияла на Петра обстановка его детства и молодости. Она потрясла его нервы рядом опасностей; она воспитала в нем ненависть к московским порядкам и жестокость к враждебным ему людям; она разрушила его семейное спокойствие и согласие. Словом, она лишила его безмятежного счастья и тихих радостей первой юности. Начало жизни Петра было очень несчастным и испортило его здоровье и его характер.
Мало того: несчастное детство помешало правильному обучению и воспитанию Петра.