Окончив семинарию одним из лучших учеников, Николай Звездинский поступил в Московскую Духовную академию. На третьем курсе его постигло большое горе – он потерял любимого отца, который скончался 6 января 1908 г. В эти тяжкие для юноши дни Господь утешил его, послав отца духовного, заменившего ему родителя. Близ Свято-Троицкой лавры в тихой Зосимовой пустыни жил затворник иеросхимонах Алексей. Старец всецело взял студента под свое руководство. Николай чувствовал, как силой молитвы святого затворника от него отошло все земное и сердце зажглось духовным огнем, явилось усердие к монашеской жизни. Вместе с двумя своими друзьями-студентами академии у раки преподобного Сергия он дал обет посвятить свою жизнь Богу и Его Святой Церкви, приняв монашеский сан. Один из них изменил клятвенному обещанию, увлекшись одною девицей, но перед самым венцом неожиданно упал мертвым. «Бог есть Бог Ревнитель, – отозвался ректор преосвященный Евдоким (Мещерский) в своем надгробном слове. – Юноша дал клятвенное обещание Богу обручить себя Ему, и Господь взял его к Себе прежде, чем он Ему изменил».
Николай был тверд в своем намерении посвятить жизнь Богу. Но враг не спал, нападая на него ночными страхованиями. Когда это не подействовало, он воспользовался молодой девицей, к которой Николай расположился сердцем. Прежде неприступная для его юношеской чистой любви, теперь она стала искать встречи с ним. Готовящийся к постригу молодой студент почувствовал в своем сердце расположение к ней, увлекся мыслью о земном счастье – но, призвав Бога на помощь, отверг это искушение и ускорил свои шаги к старцу-затворнику, который в своей затворнической келье благословил его не медлить с постригом. 25 сентября 1908 г. на всенощном бдении в академическом храме Покрова Пресвятой Богородицы ректором преосвященным Евдокимом был совершен постриг студента третьего курса Николая Звездинского. Лицо новопостриженного монаха сияло неземной светлостью. Преосвященный ректор, разумея вольнодумных и ненавидящих монашество профессоров и студентов, сказал: «Смотрите на его лицо и убедитесь в светлости монашеских подвигов и Божией благодати». Новопостриженный монах Серафим был отведен в Гефсиманский скит, где семь дней провел в молитве и посте в церкви во имя Успения Божией Матери, в устроенном на хорах пределе. В душе его точно пели ангелы, восхваляя Бога, точно он слышал небесную музыку. Но воин Христов не был оставлен врагом. Неожиданно ад подошел к его сердцу – страх, тоска, беспроглядный мрак, уныние одиночества... Затем раздался страшный грохот: рухнул храм, провалившись вниз; иконостас с грохотом рассыпался в щепки. Очнулся молодой монах – все стоит на месте, храм цел, тихий молитвенный полумрак наполняет его...
На Казанскую икону Богородицы, 4 ноября, Серафим был посвящен в иеродиаконы. Как благодарно было его сердце, когда держал он в руках Вседержителя Вселенной, как преисполнялся благодатью Духа Святого, потребляя после Литургии Святые Тайны! В летний праздник Казанской Богородицы, 21 июля, он стал иеромонахом. В 1910 г. иеромонах Серафим окончил Духовную академию со степенью магистра богословия и, как горячий проповедник и ревнитель Православия, был оставлен преподавателем в Вифанской духовной семинарии. В семинарии он покорял сердца учащихся своим примером и словом, молился за каждого своего ученика, вынимал за каждого частицу на проскомидии. Это чувствовали юные студенты, сердца их воспламенялись желанием служить Богу, быть верными служителями Престола Божия до смерти, подобно наставнику. Но враг и здесь воздвиг козни против подвижника Христова. Захотев изменить доброе мнение о своем наставнике, он подослал к нему женщину высокого звания, необыкновенной красоты, которая тонкой лестью, под видом духовной расположенности, стала подкупать монаха-подвижника, задаривая его ценными подношениями и подарками. Но отец Серафим зорко глядел внутрь себя и не склонился на лесть, оградив себя затвором и молчанием.