Случайно вышло так, что в апреле 1619 года в Москву за сбором пожертвований прибыл иерусалимский патриарх Феофан. Он поэтому и встречал возвратившегося из Польши Филарета, и возглавил чин посвящения его в патриарха, и написал особую грамоту, подтверждавшую еще раз законность патриаршества в России, законность поставления лично Филарета патриархом Московским, право русских иерархов самим избирать и поставлять предстоятелей своей Церкви.
Среди многих церковных дел, накопившихся за семилетний период междупатриаршества, одно требовало от патриарха Филарета скорейшего разрешения. Это дело о книжных исправлениях, произведенных архимандритом Троице-Сергиевой лавры Дионисием (тем самым, который возглавлял 16-месячную героическую оборону обители и рассылал по городам грамоты с призывами встать на освобождение отечества), старцем Арсением Глухим и священником Иоанном Наседкой. Им как людям книжным, мудрым и знающим греческий язык поручено было сверить русский текст Требника и других книг с древними греческими образцами и устранить погрешности и неточности русских текстов. Они выявили немало ошибок в наших книгах. В частности, в чине великого освящения воды в молитве: «... и освяти воду сию Духом Твоим святым» у нас еще прибавлялось - «и огнем». Эта прибавка была справщиками устранена с подробными обоснованиями. Кроме того, многие молитвы, обращенные к одному из Лиц Святой Троицы, оканчивались славословием Троице, а не этому Лицу, что было явно нелепо и тоже устранено. Невежественные завистники возбудили против справщиков митрополита Крутицкого Иону, некоторых московских духовных лиц. На узком Соборе из одного почти столичного духовенства Иона осудил Дионисия, Арсения и Ивана Наседку. Они были признаны еретиками, хотевшими «огонь из мира извести». Первый подал им руку помощи патриарх Феофан. Затем патриархи Филарет и Феофан на расширенном Соборе с участием многих иерархов, всесторонне рассмотрев дело, признали правыми Дионисия и его сотрудников17
. Не все тогда были согласны с таким решением. Но раскола в Церкви не произошло. Иерусалимский патриарх указал также на неправильность русского обычая причащать мирян троекратно (во имя Отца и Сына и Святаго Духа). В соответствии с этим патриарх Филарет установил единократное причащение мирян, что сохраняется и по сей день. С этим чрезвычайной важности исправлением тоже не все были согласны, но раскола в Церкви не произошло.Еще одно важное церковное дело заключалось в вопросе об образе принятия в православие бывших католиков, униатов и просто православных, но живших ранее в Малой, или Белой России, в Польше и Литве. Святейшему Филарету донесли, что тот же митрополит Иона не велел крестить двух поляков, пожелавших перейти в православие, а принял их только через миропомазание. В 1620 году между патриархом Филаретом и митрополитом Ионой произошли очень интересные объяснения по этому поводу как в личных беседах, так и на особом церковном Соборе. Суть их в следующем.
Иона, ссылаясь на 95-е правило VI Вселенского собора и на древнерусскую практику, нашедшую отражение в ответах новгородского епископа Нифонта Кирику, на его «Вопрошание» утверждал, что католиков крестить не должно, а только миропомазать, как тех еретиков, которые предусмотрены 95-м правилом (ариане, македониане, новациане). На это он получил возражения патриарха Филарета, что «латиняне - папежники суть сквернейшие и злейшие из всех еретиков, ибо они приняли в свой закон проклятые ереси всех древних еллинских, жидовских, агарянских (то есть мусульманских. -