Спускались сумерки. В городе заблаговестили к вечерне. Блаженный Никон начал «конечне изнемогати и озиратися, яко бы видя неких пришедших к нему; такожде своима руками лице и власы и браду и одежду со опасением опрятовати, яко бы в путь готовитися». Архимандрит Кириллова монастыря Никита, сопровождающий Никона, и остальные братия поняли, что приближается смертный час патриарха, и начали «исходное последование над ним пети». Никон «возлег на уготовленном одре, дав благословление своим ученикам, руце к перcем пригнув, со всяким благоговением и в добром исповедании, благодаря Бога о всем, яко во страдании течение свое соверши, с миром успе, душу свою в руце Богу предаде, Его же возлюби. От жития сего отыде в вечное блаженство в настоящее лето 7189 (1681) месяца августа в 17 день»270
.Со скорбной вестью в Москву поскакал Чепелев. Царь Феодор Алексеевич, еще не зная ничего, послал в Ярославль свою карету «со множеством коней добрейших». Карета прибыла через два дня после смерти патриарха. На ней устроили прочное «возило», куда поставили гроб, и медленные кони повезли тело Никона в Новый Иерусалим.
Над русскими просторами поплыли печальные звоны. Народ со слезами выходил встречать почившего святителя. В Александровской слободе игуменья девичьего монастыря «со всеми черно- ризицами числом не менее двусот изыде во сретение вне монастыря со звоном, и со славославием, поюще литию, слезы точаще, с великим воплем восклицающе, плачуще о лишении своего пастыря и учителя, и проводише поприще едино, целовавше тело блаженного, возвратишася паки во обитель». Торжественно встречала печальный поезд Троице-Сергиева лавра. Архимандрит Викентий со всей братией вышел к святым воротам, над гробом Никона пели литию, «целовавше тело блаженного со слезами».
Весть о кончине Никона сильно подействовала на молодого царя. Он спросил Чепелева, каково духовное завещание усопшего. Дьяк ответил, что говорил об этом с Никоном, но тот сказал: «Вместо моея духовныя да будет мир и благословение царю... и всему их царскому дому, а о душе моей и о грешнем моем теле, о погребении и поминовении, о всем да будет он, благочестивейший царь... строитель и елико благоволит, тако сотворит». Феодор Алексеевич был тронут до слез и благоволил отпеть и похоронить Никона как патриарха с самыми великими почестями. Иоаким, несмотря на многие уговоры государя, отказался поминать Никона «патриархом» и по этой причине не поехал на погребение, благословив митрополиту Новгородскому Корнилию возглавить отпевание и поминать почившего так, как «повелит царь».
Утром 26 августа 1681 года тело патриарха Никона привезли и остановили на Елеонской горе против Воскресенского монастыря, у часовни, сооруженной, как пишет Шушерин, «во знамение общей любви и совета» Никона и Алексея Михайловича «к начинанию обители святыя и именованию, еже есть Новый Иерусалим...»271
Предварительно Никона облачили в подобающие святительские одежды, надели архиерейскую мантию, панагию, схиму272. Началось небывало торжественное погребение, длившееся непрерывно десять с половиной часов273. Никона поминали «патриархом». Царь читал 17-ю Кафизму, Апостол, пел вместе с хором. Святители похоронили по его завещанию, в Воскресенском соборе в Предтеченской церкви под Голгофой. С пением «Святый Боже...», обливаясь слезами, Феодор Алексеевич придал тело Никона земле. Необычное поведение царя обращало на себя всеобщее внимание. Шушерин пишет, что все весьма дивились, «видя тако творяща царя и толикия сердечныя любви ко святейшему Никону патриарху показующа, яко не слышно в нынешних родех тако творяща царя: и в память предыдущему (в смысле последующему. -В это время на Востоке вселенских патриархов уже объезжал царский посол Прокопий Возницын, получая от них соборные грамоты, которыми кафолическая церковь охотно и с радостью разрешала Никона, восстанавливала его патриаршее достоинство и причисляла к лику первопрестольных святейших московских патриархов. В сентябре 1682 года грамоты были доставлены в Москву.