Ходы разрушались, обваливались и зарастали. Такая участь, например, постигла тайный лаз, ведущий от Боровицких ворот к Неглинке, которая ныне проходит по подземным трубам Александровского сада. Изначально его прорыли для высадки десанта в расположение вражеских войск. Но в XVIII в. начали проседать своды белокаменных палат под Боровицкими воротами, и тоннель завалило.
Сейчас уже трудно восстановить всю систему ходов под Кремлем. Отдельные фрагменты свидетельствуют об изрытых, словно сотами, подземельях. Так во время строительства Государственного Кремлевского дворца был обнаружен выложенный белым камнем ход. Оказывается, таких ходов было три, и вели они от Потешного дворца под великокняжеский, что на Дворцовой улице. В таком древнем и полном тайн месте ни от чего нельзя быть застрахованным. И от таинственных подземных коридоров в том числе. А они, говорят, связывают Архангельский и Успенский соборы с Большим Кремлевским дворцом.
Самая древняя кремлевская башня – Тайницкая, внутри которой был открыт тайник-колодец. Через несколько строений – угловая Беклемишевская башня, служившая в давние времена тюрьмой, где сидел и был казнен «за высокоумие» боярин Беклемишев. В наше время её называют ещё Москворецкой – по расположенному рядом мосту. Далее кремлевская стена поворачивает на север и поднимается по склону Васильевского спуска. В Константино-Еленинской башне в XVII в. находился Разбойный приказ и производились допросы с пытками. Соответственно внутренние казематы были толстостенными, и башня нередко называлась Пыточной.
В Кремле наравне со строительством постоянно идут раскопки, и археологи все время что-то находят. Так, недавно в Нижнем Тайницком саду добрались до слоя XVI в., где были расчищены срубы и найдены останки живших там людей.