После Октябрьской революции 1917 г., когда приступили к ликвидации домовых церквей, при Петропавловском храме образовалась большая община из студентов и служащих Петровской академии, жителей близлежащих деревень, рабочих железнодорожной станции. Несмотря на это, древний храм закрыли и опечатали 5 мая 1925 г. Богатое церковное имущество – два престола, серебряные сосуды, Евангелия, три серебряных креста, около двухсот икон, множество облачений и покровов, семнадцать серебряных лампад, около четырехсот богослужебных книг – передали в Благовещенскую церковь в Петровском парке. П.Д. Барановский, обследовавший Петропавловский храм в январе 1927 г., увидел в не отапливаемом помещении иконостас, наполовину зашитый тесом. В 1931 г. уникальный памятник церковного зодчества уничтожили. В 1947 г. на его месте установили памятник почвоведу В.Р. Вильямсу.
Петра и Павла, апостолов, при Петрониколаевской богадельне церковь
(2-й Кожевнический переулок, дом № 10; уничтожена).Основателями богадельни и церкви при ней были известные благотворители братья Петр и Николай Гордиановичи Куманины. Богадельня размещалась в специально выстроенном для нее в 1868 г. здании в Кожевниках. На верхнем этаже устроили Петропавловский храм с главой, выходящей на крышу. Здесь находился одноярусный резной иконостас из дуба, в котором помещались девять икон. Храмовая икона апостолов Петра и Павла имела серебряную вызолоченную ризу. Многие иконы были пожертвованы братьями Куманиными и их родственниками.
В 1918 г. в здании богадельни открыли общежитие. Церковь закрыли, а ее имущество поделили между Воскресенским храмом села Карпово Дмитровского уезда и храмом села Лобанове Бронницкого уезда Московской губернии. В 1930-е гг. здание бывшей богадельни надстроили третьим, а во второй половине 1960-х годов четвертым этажами.
Петра и Павла, апостолов, в Хамовнических казармах, при Несвижском полку церковь
(Комсомольский проспект, дом № 20; уничтожена).Хамовнические казармы были выстроены в 1807–1809 годах архитектором М.М. Казаковым, сыном знаменитого зодчего. В начале XX века здесь размещались три полка, имевших собственные домовые храмы: Перновский (Петропавловский храм), Сумский (Георгиевский храм) и Несвижский (Петропавловский храм). Последний был устроен в среднем из трех корпусов казарм, в выступе его западного крыла. На противоположном его выступе находилась церковь Перновского полка. Храм Несвижского полка считался одним из самых благоукрашенных среди полковых церквей Московского военного округа. В нем находился вызолоченный двухъярусный иконостас, по стенам размещались киоты с иконами в дорогих ризах. Стены были расписаны священными изображениями и орнаментами. В ризнице хранилось более двадцати полных священнических облачений. В 1887 г. по правую сторону Петропавловского храма устроили придел святителя Николая в память совершеннолетия цесаревича Николая Александровича. Церковь ликвидировали вскоре после Октябрьской революции 1917 г. Ныне в помещении храма Несвижского полка устроен спортивный зал военно-дирижерского факультета Московской консерватории.
Петра и Павла, апостолов, в Хамовнических казармах, при Перновском полку церковь
(Комсомольский проспект, дом № 20; уничтожена).Храм был освящен в 1863 г. В 1899 г. устроен также придел святителя Николая и мученицы царицы Александры. Ликвидирован в 1920 г. Церковное помещение используется под солдатский клуб. Над местом, где находился храм, сохранилась небольшая башенка-звонница.
Петра и Павла, апостолов, на Якиманке церковь
(уничтожена).