Построена царем Федором Алексеевичем в 1681 г. над северным приделом Верхоспасского собора. Этой церкви принадлежит центральная из одиннадцати глав теремных церквей. Прежде в церковь вела крутая каменная лестница, теперь попасть в нее можно, только пройдя через хоры церкви Воскресения Словущего. Длина храма – менее семи метров, ширина – четырех. В алтаре имеется проход на кровлю Грановитой палаты. Пол состоит из плит черного и белого мрамора. Храм перекрыт сомкнутым сводом, на нем сохранилась более поздняя роспись. Здесь хранится Распятие, сделанное «в точную меру» (то есть по точным размерам) Честного Животворящего Креста Господня. Горельефную фигуру распинаемого Иисуса Христа в 1687 г. выполнил прославленный резчик из Новоспасского монастыря старец Ипполит. Считается, что этот храм менее всего пострадал от переделок. Убранство его имеет оттенок стиля барокко. Связано это с тем, что в это время в Кремле работали многие мастера, использовавшие западные приемы в работе. Сохранился медный чеканный четырехъярусный иконостас с деревянными деталями, выполненный в 1680-е гг. по чертежу знаменитого царского мастера Карпа Золотарева. В 1781 г. иконостас чинили, но, по-видимому, не вносили в него изменений. Образы, находящиеся в иконостасе, выполнены в редкой, так называемой «тафтяной» технике, для которой характерно сочетание живописи на атласном шелке (написаны лики и кисти рук) и многокомпонентной аппликации из текстиля и золоченой бумаги (для изображения облачений и фона), смонтированных на массивных досках. Иконы, хранящиеся в иконостасе, были выполнены в 1680 г. царским мастером Василием Познанским в «фламандском стиле». Мастер, предположительно, пользовался для их написания образцами с фламандских гравюр. По преданию, образа вышиты мелким жемчугом и бисером самими царевнами. Карпом Золотаревым выполнены также слюдяные киоты, в которых сохраняются иконы со сценами Страшного Суда и Страстей Господних, писанные царскими иконописцами Иваном Салтановым и Иваном Безминым.
В храме сохранились деревянные двери XVI века, отделяющие его от храма Воскресения Словущего, перенесенные из церкви в Троицком-Голенищеве. Храм не пострадал ни в одном из кремлевских пожаров. После революции был закрыт. Свободного доступа в него нет.
Рафаила, архангела, в Скорбященском монастыре церковь
(уничтожена).В память и по завещанию благотворительницы Скорбященского монастыря Акулины Алексеевны Смирновой, в иночестве монахини Рафаилы († 1893), рядом с главным собором Всемилостивого Спаса в августе 1897 г. была заложена церковь архангела Рафаила. Усердием сергиево-посадского купца И.Е. Ефимова было устроено двухэтажное каменное здание трапезной для монашествующих, на его восточной стороне и был пристроен новый храм, который стоял на Новослободской улице, к северу от Спасского собора. Церковь имела одну небольшую главку. Длинное каменное здание тянулось от улицы в глубь монастыря. Храм архангела Рафаила был освящен 1 июля 1900 г.
Здание, предназначенное для трапезной, оказалось неудобным для церкви из-за сырости в нижнем этаже. Позднее в монастыре открылась гимназия, в которой временно поместилось 3-е епархиальное училище, и храм архангела Рафаила окончательно сделался училищным. В 1913 г. он был обновлен: стены расписали братья Пашковы, храм соединили со зданием училища теплой стеклянной галереей, поставили новый престол из кипариса. 25 сентября 1913 г. обновленный храм архангела Рафаила вновь освятили. Он был украшен одноярусным иконостасом с праздничным чином.
В 1978 г. церковь архангела Рафаила сломали (сегодня из зданий монастыря сохранился лишь собор Всемилостивого Спаса и часовня над погребением монахини Рафаилы). На ее месте стоит здание милицейской части, пристроенное с севера к зданию бывшей гимназии, надстроенной четвертым и пятым этажами и объединенной с ним в одно целое.
Ржевской иконы Божией Матери на Поварской церковь
(уничтожена).Храм находился в дворцовой слободе, населенной царскими поварами. Впервые упомянут как каменный в 1653 г. В 1685 г. церковь была перестроена. С 1690 г. известно о существовании придела святых Космы и Дамиана. В 1760 г. вместо ветхого придела святителя Николая устроили новый. Тогда же была сооружена новая колокольня. В 1804 г. (или в 1809 г.) церковь капитально перестроили с включением части прежнего храма в новое церковное здание. Главным архитектурным объемом храмового комплекса стала большая трапезная с двумя приделами, обращенная боковым фасадом к Поварской улице. Основной храм, напротив, имел скромный объем и был увенчан высоким ступенчатым барабаном. Декоративное оформление храма было исполнено в стилистике ампира. К церкви примыкали кладбище и дома причта.