В середине XIX в. при постройке Большого Кремлевского дворца древний Спасский собор оказался скрыт со всех сторон высокими стенами. В 1856–1863 гг. он был отреставрирован под руководством архитектора Ф.Ф. Рихтера. Южный верхний придел освятили во имя святителя Стефана Пермского, северный – во имя великомученика Прокопия. Тогда же храм расписал иконописец Рогожкин по образцу ярославского собора Иоанна Предтечи. Главной святыней храма были хранившиеся под спудом мощи святителя Стефана Пермского, апостола зырян, современника и друга преподобного Сергия Радонежского. Над местом его погребения была устроена гробница-рака, на крышке которой находилось украшенное серебряной ризой изображение святого. В 1890 г. гробницу оковали позолоченным серебром, а над нею была устроена новая художественная сень из бронзы. В трехъярусном главном иконостасе XVIII века находились Царские врата XVI – начала XVII века, храмовая икона Преображения Господня XVI века, чудотворная икона Всемилостивого Спаса, Боголюбская икона Божьей Матери, Сретение Господне, Собор архангелов Михаила и Гавриила, Похвала Пресвятой Богородицы, святителя Стефана Пермского с деяниями. В алтаре нижнего придела хранился храмовый образ святителя Спиридона Тримифунтского (в Средние века в храме был его придел).
После Октябрьской революции 1917 г. храм закрыли, и в 1933 г. он был снесен. Часть икон передали в музеи Кремля, а старинные Царские врата ныне украшают иконостас кремлевской Ризположенской церкви. На месте Спасского храма во дворе Большого Кремлевского дворца сооружена пристройка.
Спаса Преображения на Братском кладбище церковь
(уничтожена).На купленных землях села Всехсвятского, что находилось в пяти верстах от Тверской заставы, 15 февраля 1915 г. по инициативе великой княгини Елизаветы Федоровны и гласного Московской городской думы врача С.В. Пучкова было открыто Братское кладбище для солдат и офицеров, умерших в московских госпиталях. Предполагалось, что оно станет огромным мемориальным комплексом в память о жертвах великой войны. На кладбище по проекту А.В. Щусева началось строительство храма, главный престол которого был освящен только в 1918 г. Согласно проекту храм должен был быть пятиглавым, с папертью и звонницей, в стиле средневековой архитектуры Пскова, но полностью выполнить задуманное не удалось. Храм закрыли в начале 1930-х гг., а уничтожили, как и все Братское кладбище, в конце 1940-х – начале 1950-х годов. Ныне на месте кладбища – парк на Новопесчаной улице, а на месте церкви Спаса Преображения в 1959 г. выстроили здание кинотеатра «Ленинград».
Спаса Преображения на Братском кладбище часовня
(улица Новопесчаная, парк).На территории бывшего Братского кладбища, превращенного в 1950-е гг. в парк, в начале 1990-х гг. по инициативе руководства Северного административного округа и военно-исторической ассоциации «Добровольческий корпус» выстроили небольшую часовню, приписанную к церкви Всех Святых во Всехсвятском.
Спаса Преображения на Глинищах церковь
(уничтожена).Впервые упоминается в 1460 г. в духовном завещании старца Симонова монастыря Адриана Ярлыка. В документах 1657 г. Спасский храм указан как каменный. В 1780 г. приступили к возведению нового храма (его проект приписывают знаменитому архитектору В.И. Баженову). Вскоре в нем были освящены приделы великомученицы Екатерины и Покрова Пресвятой Богородицы.
Главный же престол Спаса Преображения освятили лишь 6 августа 1802 г. К величественной церкви-ротонде в середине XIX века пристроили трапезную и четырехъярусную колокольню.
В 1898 г. храм капитально отремонтировали. В нем сохранялись иконостас и росписи стен начала XIX века. Две храмовые иконы – Преображения Господня и Покрова Пресвятой Богородицы, а также образ святителя Николая и Тихвинская икона Божией Матери датировались XVII веком. Храм разрушили в начале 1930-х гг., и в 1934 г. на его месте выстроили восьмиэтажное здание (Лубянский проезд, дом № 17).
Спаса Преображения в Наливках церковь
(уничтожена).В 1641 г. жители Стрелецкой слободы выстроили в Замоскворечье, в местности Наливки свой приходской деревянный храм. В 1705 г. к нему пристроили придел иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». Каменный храм вместо деревянного появился в 1738 г. Вместо него в 1838 г. выстроили новую Спасскую церковь с приделами святителя Николая и иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». Позже в боковой пристройке освятили придел архангела Михаила. Тогда же в колокольне освятили придел святителя Иннокентия Иркутского.