Монастырь за сотни лет испытал много напастей, горел в 1812 году, подвергся ограблению французов: после их ухода осталось всего две иконы. Но самое страшное случилось в мирные дни 1935 года не по вине оккупантов. Все, что созидалось веками, было уничтожено преступной властью. Остался кусок монастырской стены и корпус келий, оказавшихся во дворе подстанции Московского метрополитена. Другого участка земли для нее не нашлось! Монументальное серое здание с колоннадой и скульптурными группами метростроевцев поставлено на месте храмов. Илья Ильф в записной книжке назвал подстанцию "вдохновенным сооружением архитектора Фридмана".
За воротами Земляного города в 1626 году патриарх Филарет за семь лет до смерти поставил каменную церковь Смоленской Богоматери с приделами Федора Студита и Аверкия Иерапольского. (Федор Студит, подвергавшийся гонениям за почитание икон, умер в заточении в 826 году в Херсонесе Акритском. Был игуменом, дал устав Студитскому монастырю, известен как творец церковных песен, поучений. Аверкий, епископ Иераполя Фригийского, просвящал Сирию и Месопотамию, умер в 167 году)
За храмом закрепилось название по приделу в честь Федора Студита. В день его памяти, 11 ноября 1470 года, произошло бегство татар от реки Угры после исторического противостояния с ордынцами, больше на Москву не посягавших. Как полагают, именно тогда здесь была основана церковь, помянутая в летописи под 1547 годом в связи с пожаром. Возле ее деревянных стен народ и духовенство с почетом встретили вернувшегося из долгого плена Филарета. Вот почему патриарх увековечил памятное место каменным храмом. Филарета постригли в монахи насильно. В миру он был боярином Федором Никитичем Романовым, прожил долгую бурную жизнь. Свергал с московского трона царей. Воевал под Смоленском, вел с поляками мучительные переговоры и за отказ подписать невыгодные условия мира увезен в Польшу, где пребывал в неволе восемь лет. Вернулся в Москву триумфатором, патриархом. Сына его Михаила избрали на царство. По молодости лет сына патриарх фактически управлял государством. Рядом с храмом он основал Федоровский больничный монастырь (где была аптека), позднее упраздненный. Но церковь осталась.
Ее прихожанином был Александр Суворов. Под своды маленького храма его принес крестить прапорщик Преображенского полка Василий Суворов, живший поблизости. Спустя сорок четыре года после крестин здесь же генерал Суворов повенчался с молодой женой. Дом Суворовых находится за оградой Большой Никитской, 42, принадлежал им по 1800 год. На фасаде перестроенного здания до революции установили одну из первых мемориальных досок с короткой надписью: "Здесь жил Суворов". Родители генералиссимуса погребены у стен храма Федора Студита.
Родившийся на Арбате Суворов на Большой Никитской прожил медовый месяц, сюда после смерти отца, как хозяин, приезжал отдохнуть от боев и походов. Ходил из дома в церковь петь басом, служил в ней дьячком.
В год пятилетия революции церковь закрыли и ограбили. Вывезли из нее по сравнению с другими храмами мало - 1 пуд 24 фунта 64 золотника серебра.
В 1937 году шатровая колокольня Феодора Студита, одна из древнейших в Москве, рухнула на землю, уничтоженная злой волей сталинистов. Тогда сломали также колокольню церкви Большое Вознесение за Никитскими воротами. Но храмы не порушили. Из Большого Вознесения в 1922 году вывезли золото, оцененное 500 рублями, 4 пуда 20 фунтов 24 золотника серебра, 2 пуда 12 фунтов бронзовых изделий. Опустошенный храм превратили в лабораторию высоковольтных разрядов...
Возникновение его связано с именем царицы Натальи Кирилловны, матери Петра I, построившей каменный храм (взамен деревянного) напротив своего двора в 1685 году, у ворот Белого города. Одно время часть улицы за его стенами называлась Царицынской в честь царицы Натальи.