Видный марокканский оппозиционер Мехди Бен-Барка, который в вынужденной европейской эмиграции вел активную «подрывную» работу, королевским судом Марокко был заочно приговорен к смертной казни. Служба безопасности Марокко, возглавляемая генералом Мухаммадом Уфкиром, решила привести приговор в исполнение независимо от местонахождения Бен-Барки. В проведении этой операции Уфкир попросил помощи у «Моссада», зная развитость и силу его европейской резидентуры и агентурный опыт. Амит согласился, как говорила заангажированная пресса, «из опасений, что отказ отрицательно скажется на положении евреев в Марокко». Решение принималось на уровне первых руководителей спецслужб: Амит встретился с Уфкиром во Франции осенью 1965 года и обсудил детали операции. «Моссад» согласился устроить Мехди Бен-Барке западню. 29 октября 1965 г. израильские агенты выманили Бен-Барку из Женевы в Париж якобы для встречи с кинорежиссером. Там, около кафе на Левом берегу, три офицера французской службы безопасности, сотрудничавшие с марокканцами, «арестовали» Бен-Барку — а затем по команде самого Уфкира марокканцы вывезли Мехди за город и попросту расстреляли. Тело Бен-Барки закопали в саду виллы в пригороде Парижа. Амит и Уфкир считали, что тайна похоронена вместе с трупом. Кто обратит внимание на исчезновение или даже на убийство не самого яркого представителя весьма брутальной ближневосточной политики? Однако генерал де Голль немедленно приказал расследовать все обстоятельства исчезновения Бен-Барки в центре Парижа что и было выполнено быстро и полно. Расследование выявило не только израильско-марокканский сговор, но и причастность к этому французского эквивалента «Моссада» — Службы внешней документации и контрразведки (SDECE). Президент де Голль получил ещё одно подтверждение некорректности или нелояльности SDECE, — а он давно и совсем небезосновательно предполагал, что его собственная спецслужба может плести против него заговор. «Большой Шарль» пришел в ярость и приказал «навести порядок в доме» — тогда и была проведена жесткая чистка в спецслужбах Франции. Но досталось и Израилю: действительно, трудно представить харизматического правителя, который останется равнодушен к бесцеремонным действиям союзника Франции на её территории. Де Голль приказал закрыть базировавшееся в Париже крупнейшее европейское представительство «Моссада» и полностью прекратил сотрудничество с израильскими спецслужбами. Наверняка это сказалось и на общей перемене позиции де Голля в отношении к Израилю, которая сыграла такую большую роль в вспышке военного конфликта в 1967 году.
В самом же Израиле причастность «Моссад» к этому убийству держалась в секрете. Когда журнал «Бул» намекнул, что в деле Бен-Барки может быть «израильский след», «Шин Бет» немедленно конфисковала все 30 тыс. экземпляров и лишь 5 номеров достигли газетных киосков. Были наказаны впервые в истории Израиля, — по инициативе цензурного управления и решению суда, редакторы журнала, кстати люди вполне четких сионистских убеждений.
На правительственном уровне, без придания дела огласке, скандал разгорелся вовсю; в конечном итоге столкновение политических сил вылилось в странный компромисс — вновь под знамена был призван Иссер Харел.
Как и следовало ожидать, ничего хорошего от новой попытки совместить представителей разных методик и идеологий не получилось. Они фактически толкали «воз» ответственной и сложной работы в противоположных направлениях. Это усугублялось и личной неприязнью между руководителями, и наличием разных «школ» внутри «Моссад».
В большинстве вопросов Амит отказывался сотрудничать с Харелом. Сам же Харел искал и находил пути «обхода» Амита. Выглядело все это как тяжелая бюрократическая склока из числа тех, которые время от времени поражают большие учреждения. Используя свои личные связи и знание секретных архивов, Харел сумел заполучить секретные досье «Моссада» и составлял резко критические «докладные записки», а также вызывал руководителей департаментов на совещания к Эшколу, на которых часто поднимал вопрос о деловых качествах Амита и его недостатках.
Одним из проявлений конфликта стало то, что выдвигавшиеся Амитом предложения о проведении тайных операций в большинстве своем отклонялись Харелом. Такая судьба постигла, например, смелый план, который предусматривал негласную поездку Амита в Каир для встречи с вице-президентом Египта маршалом Хакимом Амером.