Хан похитил копии чертежей центрифуг в Eurenco, европейской компании, в которой он работал в начале 1970-х годов. После этого он начал производство собственных центрифуг в Пакистане. Вскоре Хан превратился в «торговца смертью», продавая свои методы, формулы и центрифуги. Его основным клиентом стал Иран. Другими покупателями были Ливия и Северная Корея.
Иранцы покупали центрифуги и в других местах, а затем научились производить их самостоятельно. В Иран периодически прибывали огромные грузы урана, центрифуги, материалы, используемые в электронике, запчасти. Были созданы крупные производственные мощности для переработки уранового сырья, размещения центрифуг и преобразования газа в твердое вещество; иранские ученые посещали Пакистан, а пакистанские эксперты прибывали в Иран – и все это оставалось незамеченным.
Иранцы были достаточно осторожны для того, чтобы не класть все яйца в одну корзину. Они рассредоточили объекты, связанные с ядерным проектом, по всей стране – военным базам, замаскированным лабораториям и удаленным объектам инфраструктуры. Некоторые из них были построены глубоко под землей и окружены батареями ракет класса «земля – воздух». Один завод находился в Исфахане, другой в Араке; наиболее важный – по производству центрифуг – был размещен в Нетензе и четвертый центр – в священном городе Кум. При малейшем намеке на то, что местоположение какого-либо из этих объектов может быть раскрыто, иранцы могли переместить производственные мощности, связанные с ядерным проектом, в другое место, удалив слои почвы, которая могла быть облучена радиоактивными веществами. Они также искусно сбивали с толку и вводили в заблуждение инспекторов Международного агентства по атомной энергии. Его председатель, египтянин Мохаммед эль-Барадеи, вел себя так, будто верил каждому утверждению иранцев, и публиковал благодушные отчеты, которые дали Ирану возможность продолжать реализацию своего смертоносного плана.
1 июня 1998 года американские власти впервые смогли оценить истинные масштабы работы иранцев. Пакистанский перебежчик оказался в Нью-Йорке перед следователями ФБР, попросив политического убежища. Он представился как доктор Ифтихар Хан Чоудри и раскрыл истинные масштабы секретного сотрудничества между Ираном и Пакистаном. Он рассказал о деятельности доктора Хана, описал встречи, в которых тот принимал участие, и перечислил пакистанских экспертов, которые участвовали в иранских проектах.
Факты и цифры, засвидетельствованные в показаниях Чоудри, были проверены ФБР и признаны соответствующими действительности. ФБР, разумеется, рекомендовало разрешить Чоудри остаться в США в качестве политического беженца, однако его поразительным сообщениям не было уделено достаточного внимания. Возможно, по чистой небрежности американские высокопоставленные должностные лица погребли стенограммы показаний Чоудри в своих архивах, не инициировали никаких действий и не предупредили Израиль. Должно было пройти еще четыре года, чтобы правда об иранской ядерной программе вышла на свет.
В августе 2002 года иранская подпольная оппозиционная организация «Моджахедин-э-Халк» (МЭХ) сообщила мировым СМИ о существовании двух ядерных объектов в Араке и Нетензе. В последующие годы МЭХ продолжала раскрывать новые факты об иранской ядерной программе, это заставляло подозревать, что информация поступает из внешних источников. ЦРУ все еще было настроено скептически и предполагало, что израильтяне и британцы пытаются вовлечь Соединенные Штаты в опасные операции. В частности, ЦРУ, похоже, полагало, что Моссад и МИ-6 снабжали МЭХ разведданными, полученными от иранской оппозиции, полагаясь на нее как на достоверный источник. Согласно израильским источникам, огромный комплекс центрифуг в Нетензе, расположенный в глубине пустыни, на самом деле обнаружил один бдительный офицер Моссада. В том же 2002 году иранское подполье передало ЦРУ ноутбук с отсканированными документами. Иранские оппозиционеры не сообщили, как заполучили этот ноутбук; скептически настроенные американцы подозревали, что документы только недавно были загружены в компьютер; они обвинили Моссад в том, что тот добавил к ним информацию, полученную из собственных источников – и затем передал ее лидерам МЭХ для того, чтобы те сообщили ее на Запад.