Обращает на себя внимание смена многих высших руководителей морского ведомства летом 1908 г. Выше уже говорилось о том, что по инициативе И.М. Дикова с 16 июня 1908 г. оставил свой пост начальник МГШ Л.А. Брусилов, ставший младшим флагманом Балтийского флота, что если не формально, то фактически было существенным понижением. Его место c 11 августа занял бывший помощник начальника ГМШ контр-адмирал А.А. Эбергард. Можно предположить, что назначение на этот пост «человека ГМШ» означало стремление И.М. Дикова заставить МГШ следовать в русле проводимых им мероприятий. 7 июня И.Ф. Бострем был перемещен с поста товарища министра на должность командующего Черноморским флотом, сменив там контр-адмирала Р.Н. Вирена, ставшего главным командиром Кронштадтского порта. Вскоре, 24 ноября, был заменен и командующий Балтийским флотом контр-адмирал Э.Н. Щенснович на контр-адмирала Н.О. фон Эссена, который до этого командовал дивизией эсминцев. Надо заметить, что они пользовались репутацией боевых адмиралов: оба стали известны как командиры броненосцев Первой Тихоокеанской эскадры. Э.Н. Щенснович командовал «Ретвизаном», отличившимся во время боя в Желтом море 10 августа 1904 г., а Н.О. фон Эссен — «Севастополем», который до конца вел огонь по японским войскам и единственный был затоплен на внешнем рейде так, что японцы впоследствии не смогли поднять его. Такие серьезные перестановки в руководстве морского ведомства могли быть вызваны окончанием борьбы вокруг новой схемы организации Морского министерства.
Между тем обсуждение проектов реформ шло своим чередом, и 6 июня 1908 г. было созвано первое заседание очередного совещания для обсуждения проекта организации хозяйственно-технической части морского ведомства, работа которого продолжалась до середины июля
[321]. Оно должно было продолжить работу «Комиссии по преобразованию технической и хозяйственной частей в морском ведомстве» под председательством А.А. Вирениуса. На совещании были изменены полномочия Адмиралтейств-совета: он лишился права обсуждать «важнейшие вопросы состояния флота и морского ведомства», в его компетенции были оставлены лишь законодательные дела и решение части хозяйственных дел, хотя подобное сужение полномочий было скорее формальностью, так как влияние Адмиралтейств-совета на решение важных вопросов было невелико. В число технических отделов, подчиненных товарищу министра, был введен Опытовый отдел [322], однако в сводной схеме он отсутствует [323]и вновь появляется в окончательном, печатном варианте схемы [324]. Возможно, эти перипетии отражают разногласия, возникшие на совещании по данному вопросу, но в журнале они не нашли отражения. В ходе дискуссии прозвучала мысль о слиянии Кораблестроительного и Механического отделов. В ответ на это 6 июля 1908 г. представитель Инспекции механической части МТК полковник Корпуса инженер-механиков Н.И. Ильин зачитал свою записку, в которой доказывал, что слияние этих двух отдельных частей не приведет к успеху [325]. Совещание выработало единую структура отделов. Каждый из них по первоначальным предположениям должен был состоять из Технического и Кредитного отделений, но затем было решено добавить Инспекторскую и Общую части с переименованием всех отделений в части [326].