Посоветовавшись с рядом военачальников и получив информацию о первых очагах сопротивления, Кемаль со своими соратниками решил перебираться в Анатолию. Переезд был осуществлен совершенно легально, поскольку 30 апреля 1919 года Кемаль получил официальное назначение инспектора 9-й армии, что фактически означало командование этой армией. Штаб её размещался в Эрзуруме, свободном от оккупантов. Немаловажно было то, что в состав 9-й армии входил XV корпус Карабекира с 4 пехотными дивизиями и III корпус Али Фуада с 2 пехотными дивизиями. Кемаль часто встречался с Февзи (Чакмаком), уходящим с поста начальника Генерального штаба, и с его преемником Шеватом (Чобанлы). Они тоже были националистами и тайно поддерживали то, что собирался сделать Кемаль, и не собирались разоружать свои войска. Создав из доверенных людей свой штаб, Кемаль выехал в Самсун. Перед отъездом он выслушал личное напутствие султана Мехмеда VI, приказавшего пресекать акты саботажа и враждебных действий против оккупантов. Высадившиеся в Самсуне в марте 1919 года 200 британских солдат не в состоянии были контролировать обстановку в близлежащих регионах Анатолии.
Также и в инструкции военного министерства предписывалось Кемалю провести инвентаризацию вооружения в районах дислокации 9-й армии и строго контролировать его сохранность, не допуская его попадания в руки незаконных вооруженных формирований, которые Кемаль должен был постараться распустить. Султанское правительство наделило Кемаля широкими полномочиями и деньгами, которые следовало использовать для восстановления спокойствия в Анатолии. С другой стороны, многие члены правительства, да и сам военный министр Иззет-паша, вряд ли сомневались, что Кемаль будет действовать прямо противоположно тому, что было сказано в данных ему инструкциях, и не собирались ему в этом препятствовать. Ведь к интервентам они относились так же, как и Кемаль, и прекрасно знали, что посылать Кемаля в Самсун с целью умиротворения региона – это все равно что бросать щуку в воду. Очень многие в Стамбуле надеялись, что Кемаль-паша создаст в Самсуне и англичанам, и грекам, и другим иностранным интервентам большие проблемы и рано или поздно заставит их покинуть Турцию.
15 мая, когда Кемаль еще был в Стамбуле, не успев выехать к месту нового назначения, греческие войска высадились в Измире (Смирне). Турецкое правительство было потрясено. Ведь в Стамбуле первоначально не принимали всерьез заявления премьер-министра Греции Венизелоса о Великой Греции, которая должна включать все побережья и острова Эгейского моря, а также Константинополь и Западную Анатолию со Смирной.
15 мая 1919 года греческие войска высадились в Измире. 12 тыс. солдат были встречены с ликованием местными греками. В середине дня, когда греки проходили мимо турецких казарм, раздался выстрел. Граф Сфорца полагал, что стрелял греческий провокатор. Согласно турецкой версии, стрелял турецкий журналист Хасан Ташин, якобы произнесший при этом историческую фразу: «Турки не мертвы, они живы… и они не отдадут этот город грекам». Выстрел спровоцировал перестрелку. Затем началась резня турок греками и было убито до 300 турок. В Измире начались пожары. Греческие войска продолжали убийства, поджоги, грабежи и изнасилования также и за пределами Измира.
В середине июля союзники создали Международную комиссию по расследованию событий, связанных с оккупацией Измира и его окрестностей. Заключение комиссии, опубликованное полгода спустя, осудило интервенцию и поведение греческих войск. Премьер-министр Греции Венизелос оказался тогда наибольшим реалистом, заявив, что «хотя оккупация Смирны (Измира) не устанавливает с юридической точки зрения новое право в пользу Греции, в действительности создала новую ситуацию, которую нельзя игнорировать».
В Стамбуле известие об оккупации Измира греками вызвало всеобщее уныние. Был даже объявлен национальный траур на восемь дней. Женщины носили на платьях кусочек черной ткани со словами: «Измир – в нашем сердце». Многие торговцы закрыли свои лавки, а войска были переведены на казарменное положение. В знак протеста против оккупации правительство подало в отставку. Вскоре начались волнения и митинги протеста. Студенты говорили, что «лучше умереть, чем дать себя задушить, подобно овцам, маленькой нацией, чье отношение к нам давно известно». Все политические партии от консерваторов до социалистов протестовали против оккупации. В пятницу, 23 мая, массовый митинг протеста происходит на главной площади турецкой части Стамбула, окруженной мечетью султана Ахмета и Святой Софией, в нескольких сотнях метров от дворца Топкапы, Блистательной Порты (канцелярии великого визиря и правительства) и военного министерства. На митинг собрались, по разным оценкам, от 40 до 200 тыс. человек. Он прошел под лозунгами «Нет убийцам мусульман», «Не принесем в жертву два миллиона турок двумстам тысячам христиан», «Мы требуем правосудия», «Турки свободны».