Во время греко-турецкой войны 1897–1898 годов Кемаль пытался сбежать из училища на фронт. Он был разочарован, когда турки, победив на поле сражения, потерпели фиаско от греков за столом переговоров под давлением великих держав. Будущий победитель греков вспоминал: «Наши преподаватели заявили нам, что мы можем оккупировать всю Грецию. Но когда новость о перемирии дошла до нас, курсанты испытали глубокое разочарование. Но мы не могли задавать вопросов. Только мой друг Нури рассказал мне, как один молодой офицер плакал, заявляя, что всё происшедшее печально. Тем не менее на улицах Монастира была организована радостная манифестация и раздавались крики: “Да здравствует султан!” Впервые я не присоединился к подобному пожеланию». Удачный исход войны, несмотря на ничтожность турецких территориальных приобретений, поднял авторитет султана Абдулы-Хамида II среди мусульман Османской империи и всего мира.
Время от времени Кемаль приезжал в Салоники и виделся с Эмине. Сестра потом вспоминала, что они надеялись пожениться, но ничего из этого не вышло.
Монастир был захолустным македонским городком с 30 тыс. жителей, где не было никаких развлечений. Поневоле офицеры и кадеты тянулись к рюмке раки или коньяка.
Проводя отпуска в Салониках, Кемаль с удовольствием посещал европейский квартал, где женщины не носили паранджи, пели, танцевали и сидели за столиками с мужчинами. Ему полюбился алкоголь, а дамы сочли красивого юного воина неотразимым. Кемаль родился и вырос в европейской Турции, где диктуемый исламом запрет на употребление спиртного мусульманами никогда не соблюдался. Да и продажа алкоголя была свободной и повсеместной из-за наличия многочисленного христианского населения. Если бы Кемаль родился в гораздо более патриархальной и более этнически однородной Анатолии, то вряд ли бы попробовал вино еще в юности.
Кадетское училище Кемаль закончил вторым по успеваемости в своем классе, получив репутацию талантливого ученика и прирожденного руководителя. Успехи в училище открыли ему дорогу в академию, которая называлась, по британскому образцу, Османским военным колледжем.
13 марта 1899 года Кемаль поступил в Оттоманский военный колледж в Стамбуле. Он размещался в столичном районе Пера, где жило много европейцев. Через два месяца учебы Кемаля произвели в сержанты. Кроме того, было отмечено его блестящее знание французского – он стал носить соответствующую нашивку, кроме сержантских нашивок. В колледже наш герой столь же хорошо освоил немецкий язык и научился читать еще на трех европейских языках. Во время учебы в колледже Али Фетхи (позднее Окяр), Казим (позднее Озалп), Нури (позднее Конкер) и Али Фетхи (позднее Джебесой) стали его ближайшими друзьями. С ними он пристрастился к выпивке в барах, которые в Пера были в изобилии, и допоздна засиживался за рюмкой раки или коньяка, за курительной трубкой или картами, не пренебрегая и прекрасным полом, благо милые дамы не отличались излишней скромностью.
Кемаль стал поклонником западного образа жизни, западных идей и технологий, так что многие приверженцы османской старины, считавшие, что заимствования от европейцев не должны разрушать традиционное общество, смотрели на него как на смутьяна и революционера.
В колледже Кемаль делал упор на военные дисциплины и иностранные языки, но не пренебрегал и политическими дисциплинами, что могло свидетельствовать о будущих политических амбициях. Он отлично успевал по всем предметам и закончил академию 8-м в классе из 459 человек, получив в феврале 1902 года звание лейтенанта пехоты. Его отличали выправка и элегантность. Азым, его товарищ по учебе, вспоминал: «Мустафа Кемаль – очень вежливый юноша, никогда не сердится, всегда тщательно следит за тем, как одет, и прекрасно излагает свои мысли».
Блестящие результаты учебы в колледже открыли Кемалю дорогу в Академию Генерального штаба. 10 февраля 1902 года в числе 43 курсантов Мустафа Кемаль-эфенди Селяник поступил в Оттоманскую академию Генштаба в Стамбуле, которую окончил 11 января 1905 года.
Оттоманская академия Генерального штаба была копией Прусской военной академии (Kriegsakademie). Вооруженные силы Османской империи в то время находились под преобладающим влиянием Германии, что подкреплялось присутствием германских офицеров. За три года учебы в академии должен был быть подготовлен квалифицированный офицер Генштаба, в равной мере пригодный как для штабной работы, так и для практического командования войсками. Кемаль закончил академию 5-м из 43. Он был произведен в капитаны и получил назначение в штаб корпуса.
Но уже в период учебы в Академии Генерального штаба Кемаль иной раз пребывал в состоянии меланхолии или депрессии. Он признавался друзьям: «Я ложусь спать и не могу уснуть, как вы. Я бодрствую до рассвета. И только я забываюсь сном, раздается сигнал подъема и я не могу проснуться. Чтобы меня разбудить, приходится как следует тряхнуть кровать. Поэтому я чувствую себя усталым и совершенно разбитым и телом, и душой».