Удовлетворением запросов такой большой части общества занимается множество исламских религиозных организаций, которые призваны объединять мусульман, но одновременно оказываются причиной их разобщения. Одной из первых ассоциаций мусульман, появившихся на территории ФРГ, была Исламская община в Германии (
В дебатах о данных религиозных организациях ощутимы скорее политические, нежели юридические мотивы. Согласно немецкому законодательству религиозная ассоциация вправе подчиняться другому государству, как в случае
Тем не менее с начала 2019 г., правительство ФРГ приняло решение приостановить финансирование данной крупнейшей мусульманской ассоциации. Большая часть средств выделялась на проекты против экстремизма и на помощь беженцам. На совместные проекты властями ФРГ с 2012 г. было потрачено почти 6 млн евро. Однако сильная взаимосвязь организации с турецким правительством стала, по заявлениям министерства внутренних дел ФРГ, основной помехой продолжению сотрудничества[213]. Принимая во внимание особенности немецкого законодательства, данные действия не могут рассматриваться иначе как преследующие исключительно внешнеполитическую цель — оказание давления на Турцию. Это противоречит принципу нейтралитета, лежащему в основе религиозного законодательства ФРГ, а немецкое правительство тем самым жертвует ценностями гражданского общества ради решения политической задачи.
В Мюнстере несколько мусульманских организаций ведут ожесточённую кампанию против Главы Центра исламской теологии Вестфальского университета Моханада Кхорхида. Он получил множество угроз и ему была предоставлена полицейская охрана. Университет продолжил поддерживать его, и в конце концов критика прекратилась. Уроженец Ливии 44-летний Кхорхид своими популярными книгами «Ислам — это милосердие» и «Бог верит в людей» вызвал раздражение у консервативных групп мусульман. Ещё больше недовольства вызвали его появления в немецких ток-шоу, где его представляли как голос ислама. Он открыто выступает против ультраконсервативных мусульман, которых поддерживают небольшие, но быстро растущие молодёжные группы, требующие включения положений Шариата в законодательство.
Однозначного ответа, что важнее для молодых мусульман Германии (их религиозная община или государство), не существует. Согласно опросам, 59% мусульман чувствуют «сильную связь» со своей религиозной общиной. Подобное чувство связи с Германией, напротив, испытывают только 40% опрошенных. Но по сравнению с остальным населением это довольно высокий процент. Лишь 32% всех немцев так же чётко идентифицируют себя с Германией. Это значит, что чувство принадлежности к Германии у мусульман выражено сильнее, чем у населения в целом.
Это выражается и в доверии, которое мусульмане испытывают к государственным институтам. 73% немецких мусульман доверяют немецкому суду, хотя в среднем лишь 49% немецкого населения считают, что на немецкий суд можно полностью положиться. В 2009 г. 61% мусульман выразили доверие немецкому правительству, деятельность которого в то время поддерживали всего 36% населения[214].