Обеспокоенный развитием ситуации верховный муфтий Талгат Таджуддин направил Эдуарду Росселю письмо с просьбой воздержаться от поддержки ДУМАЧР, аналогичные рекомендации поступили также из Управления ФСБ по Свердловской области, однако губернатор проигнорировал эти предупреждения, в итоге настроив против себя ранее лояльного муфтия Сибгатуллу Сайдуллина. На очередных выборах губернатора Сайдуллин поддержал кандидатуру мэра Екатеринбурга Аркадия Чернецкого, в то время как сторонники ДУМАЧР и лично Аширов вели агитацию за действующего губернатора. После победы Росселя положение екатеринбургского муфтия еще больше ухудшилось. К середине 2000 г. раскол затронул уже треть общин Регионального ДУМ Свердловской области, и лишь скандал с арестом активиста Екатеринбургского казыята Махмуджона Сатимова несколько приостановил экспансию ДУМАЧР49
.В отличие от региональных муфтиев ЦДУМ, искушенные в политических интригах лидеры Совета муфтиев России предпочитали действовать более осторожно, не предпринимая рискованных авантюр в ходе предвыборных кампаний и поддерживая только заведомых победителей. Единственным исключением из этого правила стали выборы губернатора Тюменской области, в ходе которых Нафигулла Аширов поддержал не явного фаворита — действующего губернатора Тюменской области Леонида Рокецкого, а его главного оппонента — Сергея Собянина, который в итоге и стал новым губернатором. Конечно, можно объяснить выбор Аширова особой политической прозорливостью, однако в действительности отношения «верховного муфтия Азиатской части России» с Рокецким были настолько натянутыми, что испортить еще больш их было уже невозможно. С другой стороны, в случае победы Собянина ДУМАЧР имело неплохие шансы получить преимущество перед своими конкурентами и вновь установить контроль над мусульманским сообществом Тюменской области.
В итоге план Аширова реализовался лишь частично. Благодаря победе Собянина ДУМАЧР действительно смогло восстановить свои позиции в регионе, однако преимущества перед своим главным конкурентом — Региональным ДУМ Ханты-Мансийского АО в составе ЦДУМ — все же не получило. Председатель Сургутского муфтията муфтий Тагир Саматов также принял участие в предвыборной борьбе на стороне Собянина (которого поддерживали власти Ханты-Мансийского округа) и тем самым сохранил
Помимо агитации на выборах — губернаторских и президентских (на последних, впрочем, все муфтии поддерживали Ельцина и Путина) мусульманские лидеры также часто делали неоднозначные заявления по внешнеполитическим вопросам. Так, реплики верховного муфтия Нафигуллы Аширова про «гуманный режим талибов» и намеки относительно возможности участия российских мусульман в Афганской войне на стороне Талибана50
вызвали критику не только представителей ЦДУМ и КЦМСК, но и вынудили председателя Совета муфтиев России Равиля Гайнутдина давать официальное опровержение51. Оправдание же Ашировым разрушения талибами статуй Будды привело к разрыву отношений между Буддийской традиционной сангхой России и духовно окормляемым верховным муфтием Азиатской части России движением «Рефах».В апреле 2003 года высказывания верховного муфтия Талгата Таджуддина в адрес стран антииракской коалиции едва не привели к запрету ЦДУМ и нанесли непоправимый урон его авторитету. По их горячим следам Совет муфтиев России принял беспрецедентно резкое заявление, в котором по пунктам значилось: «Признать деятельность Талгата Таджуддина, присвоившего себе пророческую миссию, отступничеством от основ Ислама; объявить о невозможности Талгатом Таджуддином занимать должность духовного руководителя мусульманских организаций в РФ; признать заявление Талгата Таджуддина об объявлении военного джихада против США не имеющим ни богословской, ни правовой, ни моральной силы и не подлежащим к исполнению российскими мусульманами; объявить, что отныне никто из мусульман не вправе совершать с Талгатом Таджуддином совместно намаз и следовать каким-либо указаниям и советам с его стороны. Сделанное Таджуддином предсказание, что в ближайшие два — три дня один из американских авианосцев потонет, а Америки не станет, так как она распадется на пятьдесят штатов, является в этой связи лжепророчеством»52
.В июне 2004 г. муфтий Равиль Гайнутдин встретился в своей резиденции с послом Израиля Аркади Мил-Маном, чем навлек на себя гнев мюридов дагестанского шейха Саида Чиркейского, Национальной организации русских мусульман и философа Гейдара Джемаля, которые требовали прекратить все отношения с так называемым «Израилем». Впоследствии к ним присоединился и муфтий Карелии Висам Бардвил, который, в силу своей палестинской национальности, любви к Израилю также не испытывал. Председатель Совета муфтиев, категорически отказавшийся менять линию поведения, услышал в свой адрес немало «лестных» эпитетов, многие из которых годом раньше употреблялись в отношении Талгата Таджуддина53
.