В Московском Кремле традиционную для Средневековья функцию храма-усыпальницы выполнял Архангельский собор. Первым, в 1340, в недавно построенном им храме был похоронен Иван Калита. К моменту начала сооружения нового собора в 1505 здесь уже существовало двадцать три гробницы. Поскольку каменные саркофаги стояли прямо на полу, в период строительства их вынесли в расположенную рядом церковь Иоанна Лествичника. Через четыре года их вернули обратно, но в соборе уже был погребен его заказчик — великий князь Иван III. С этого времени захоронения осуществлялись под полом храма. С 1340 по 1730, пока существовал царственный кремлевский некрополь, в Архангельском соборе были похоронены пятьдесят четыре человека — это правящие монархи двух династий (Рюриковичей и Романовых) и их близкие по мужской линии. Кроме того, в центре храма находятся надгробные плиты, отмечающие место захоронения двух принявших православие представителей татарской знати. Последним здесь погребен Петр II (внук Петра Великого), единственный покоящийся здесь император. Существующие ныне сорок четыре надгробия, выполненные в 1630-е, сооружены из кирпича и облицованы белокаменными плитами, на которых помещены имена и даты жизни усопших великих и удельных князей, царей и их близких. В начале XX века они были прикрыты остекленными латунными чехлами.
Первая известная роспись Архангельского собора относится ко времени правления Ивана Грозного. Ее программа являлась отражением сложных богословских идей, связанных с представлением о «богоизбранности» рода первого русского царя и покровительстве ему небесных сил. Все основные особенности ее композиции были повторены в стенописи, исполненной при царе Алексее Михайловиче в 1652–1666. К созданию росписи привлекли большую группу иконописцев из Москвы, Ярославля, Костромы и других городов России. Артель, в которой трудились такие знаменитые мастера, как Иосиф Владимиров, Федор Зубов, Сидор Поспеев, возглавлял лучший царский изограф — Симон Ушаков.
Посвящение собора определило особое место в его росписи композициям, иллюстрирующим деяния архангела Михаила, который считался небесным покровителем московских князей-воинов. Эти сцены располагаются на северной и южной стенах собора и занимают четыре яруса из пяти. Многие из них являются символическим отражением реальных событий, связанных с борьбой Московского государства с внешними врагами.
Одна из таких композиций — «Посечение войска мадианитян израильтянами во главе с Гедеоном» — посвящена известному эпизоду Священной истории, когда малыми силами с Божьей помощью была одержана победа над многочисленным врагом. Это событие ассоциировалось у современников Ивана Грозного с его победами над Казанским и Астраханским ханствами. Против татар, которые считались в то время потомками мадианитян, царь выступал, словно новый Гедеон, под покровительством архангела Михаила.
В левой части композиции Гедеон со смирением склонился перед стоящим в величественной позе архангелом, диктующим ему волю Бога. В правой части сидящий на коне предводитель «сынов израилевых» в присутствии архистратига Божия, обнажившего свой грозный меч, стремительно несется навстречу смешавшимся в кучу и уже обращенным вспять врагам. Мастеру-иконописцу удалось передать и торжественный момент предстояния, и динамичную сцену атаки. Склоненные копья мадианитян, их опадающий стяг, поверженные наземь людские и конские фигуры свидетельствуют о скорой победе.
Среди многочисленных захоронений в Архангельском соборе выделяется одна гробница, размещенная в центральном нефе. Здесь покоятся останки младшего сына Ивана Грозного, царевича Дмитрия. Как известно, после смерти отца двухлетний Дмитрий был отправлен удельным князем в город Углич, где прожил около шести лет и загадочным образом погиб при невыясненных до сих пор обстоятельствах. По одной из версий, его убили люди, подосланные Борисом Годуновым, правителем при немощном царе Федоре Ивановиче.
В начале XVII века именем царевича воспользовался самозванец, который даже занял царский трон. После его свержения останки подлинного Дмитрия доставили в Москву, и он был канонизирован. Представители новой династии Романовых признали его своим святым покровителем. Над захоронением царевича в Архангельском соборе соорудили белокаменную резную сень, а вскоре кремлевские мастера под руководством Гаврилы Овдокимова выполнили серебряную раку. Во время наполеоновского нашествия ее похитили и переплавили, сохранилась только спрятанная в тайнике крышка с изображением царевича, которая сейчас демонстрируется в Оружейной палате. По заказу московского митрополита Августина создана новая рака, хранящаяся в соборе до сих пор.