Профилактика заболеваний во все века входила в список первоочередных задач человечества. Еще в древности и в средние века опытным путем люди разрабатывали некоторые мероприятия, способствующие уменьшению заболеваемости: города строились на возвышенных, незаболоченных местах, большое значение уделялось поиску источников чистой воды, в городах появлялись первые примитивные системы канализации и общественные бани. В случае эпидемий применялось окуривание полынью и другими травами, сжигали одежду и малоценные постройки после смерти больных, организовывали заставы для ограничения перемещения населения во время эпидемий.
В начале XVIII в., когда гигиена стала оформляться в самостоятельную науку, в 1700 г. вышел трактат итальянского ученого Б. Рамаццини «Рассуждение о болезнях ремесленников» – первый научный труд по гигиене труда. В классическом произведении немецкого ученого И.П. Франка (1779-1827) «Система медицинской полиции» говорилось о социальном значении здоровья. В 1797 г. появилась «Макробиотика» (искусство продления жизни) немецкого врача К.В. Гуфеланда.
Санкт-Петребург, город, игравший важную роль в политических планах Петра I, волею судьбы построен в чрезвычайно нездоровой местности, поэтому проблемы профилактики и лечения заболеваний населения пришлось решать буквально с первых дней существования Северной столицы. В 1714 г. из Москвы в Петербург был переведен Аптекарский приказ, через два года замененный Медицинской канцелярией. В городе открылись два госпиталя и «вольные аптеки», установлен санитарный контроль за продуктами на рынках, организован учет населения. С ноября 1792 г. стал издаваться первый периодический медицинский журнал «Санкт-Петербургские врачебные ведомости», в течение века было издано около 200 медицинских книг.
Организованные противоэпидемические мероприятия проводились в армии. Так, в 1793 г. врач Е.Т. Белопольский организовал надзор за санитарным режимом в казармах, за питанием и водоснабжением войсковых подразделений. Этим вопросам уделял большое внимание А.В. Суворов.
В начале XIX в. выдающийся отечественный врач М.Я. Мудров прочитал первый цикл лекций на тему: «О гигиене и болезнях, обыкновенных в действующих войсках, а также терапия болезней в лагерях и госпиталях, наиболее бывающих».
В 1871 г. А.П. Доброславин создал и возглавил первую самостоятельную кафедру гигиены при Петербургской военно-медицинской академии. Он также основал журнал «Здоровье» и был руководителем Общества охраны народного здоровья, организатором земской санитарии.
Ф.Ф. Эрисман, проводя исследования близорукости школьников, а также условий работы и заболеваемости рабочих фабрик и заводов, пришел к выводу о прямой зависимости состояния здоровья учащихся и рабочих от санитарных условий, в которых проходили учеба и труд. Ф.Ф. Эрисманом были разработаны гигиенические нормы для оценки качества воды, создана первая санитарная станция, которую впоследствии реорганизовали в Московский научно-исследовательский институт гигиены им. Ф.Ф. Эрисмана. Им написаны фундаментальное руководство и несколько монографий по гигиене. Он первым возглавил кафедру гигиены и стал профессором гигиены при медицинском факультете Московского университета.
Для пропаганды гигиены и здорового образа жизни в начале XX в. были организованы вагоны-выставки Северо-Западных железных дорог (1912 г.) и Всероссийской гигиенической выставки (1913 г.), позже их экспонаты станут основой экспозиции Музея гигиены.
После революции новое советское правительство начинало свою работу в условиях разрухи, голода, повальных эпидемий. В 1918 г. на Всероссийском съезде Советов организован Наркомздрав РСФСР во главе с крупнейшим социал-гигиенистом и общественным деятелем Н.А. Семашко.
В том же 1918 г. в Петербурге по инициативе Комиссариата здравоохранения Петроградской коммуны был основан Музей гигиены, он разместился в здании, построенном в 1755 г. архитектором Саввой Ивановичем Чевакинским для фаворита Елизаветы, известного мецената графа Ивана Ивановича Шувалова. Из дворцовых интерьеров в настоящее время сохранился угловой мраморный камин в одном из залов. Символично, что другом и частым гостем Шувалова был великий русский ученый М.В. Ломоносов, который в письме «О размножении и сохранении Российского народа» писал о необходимости охраны здоровья, учреждения богаделен и приютов, борьбы с моровыми язвами, поветриями и т. д.
В создании музея приняли участие ведущие ученые-медики Петербурга. Главной задачей музея была определена «..популяризация знаний среди населения... путем организации постоянной и передвижных выставок, лекций, а также путем распространения медицинской литературы».
Во время блокады Ленинграда (1941–1944 гг.) экспозицию музея законсервировали, и в 1948 г. музей вновь открылся.