По возвращении в Англию Чарльз поселился в Лондоне и в 1839 году женился на своей кузине Эмме Веджвуд. Но слабое здоровье заставило его бежать из города. В 1842 году семья переехала в имение Доун, где натуралист прожил почти безвыездно до самой смерти. Коллекции, собранные Дарвином, были обработаны Овэном (ископаемые млекопитающие), Ватергаузом (современные млекопитающие), Гульдом (птицы), Беллем (пресмыкающие и земноводные) и Дженнинсом (насекомые); эта общая работа издана под названием «Зоология путешествия «Бигля». Сам Дарвин взял на себя геологическую часть. Результатом его исследований явились работы «О строении и распределении коралловых рифов» (1842), «Геологические наблюдения над вулканическими островами» (1844) и «Геологические исследования в Южной Америке» (1846). За ними последовал ряд специальных монографий, посвященных систематической обработке подкласса усоногих, имеющий большое значение для систематики этой группы животных.
Через год после возвращения из плавания Дарвин сделал вывод, что все виды животных и растений не существуют в своей первобытной форме, они эволюционируют, и современные формы – это результат многолетнего процесса развития. Хотя Чарльз получал положительные отклики со стороны Генсло, Седжвика и других друзей, что вдохновляло его на новые порывы, в его психике боролись старое и новое, учение о неизменности и эволюционные идеи, новаторская гипотеза и консервативные теологические мысли, в которые он, как священник, искренне верил. Кто знает, может быть это и стало причиной неврастении, депрессии и ипохондрии, преследующих Дарвина всю его жизнь. Но недуги были не только злом, иногда они приносили пользу: беспокойными бессонными ночами его деятельный мозг мог без помех вынашивать обобщение, а наутро за два часа наблюдений и записей гипотеза подвергалась трезвой проверке – и работа за день была завершена.
К Дарвину приходит слава: его принимают в Королевские общества, геологическое и зоологическое, он работает над костями ископаемых и заспиртованными насекомыми совместно с известными учеными, к примеру с Лайеллом. В 1837 году исследователь начинает первую тетрадь записей по изменчивости видов. Наконец после прочтения книги Мальтуса «Принципы народонаселения» в 1839 году Дарвин вполне отчетливо сформулировал для себя идею естественного отбора. В 1842 году Чарльз Дарвин составил первый набросок своей теории; в 1844-м – более подробный очерк, который прочел своему другу Гукеру. Затем 12 лет прошло в собирании и обработке материала и только в 1856 году Дарвин, по совету Лайелла, начал составлять «извлечение» из своего труда для печати. Неизвестно, когда бы это «извлечение» увидело свет, если бы в 1858 году Альфред Уоллес, молодой ученый, занимавшийся естественно-историческими исследованиями на Малайском архипелаге, не прислал Дарвину статью, с просьбой напечатать ее в журнале Линнеевского общества, содержавшую в краткой и беглой, но отчетливой форме ту же идею естественного отбора.
Натуралист посоветовался с друзьями, которые убедили его напечатать вместе со статьей Уоллеса краткое извлечение из своего труда. 18 июля 1858 года вместе с докладом и статьей Уоллеса Лайелл и Гукер зачитали на заседании очерк из книги Дарвина «Происхождение видов». Так двадцатилетняя монументальная работа победила. Если бы не письма Уоллеса, послужившие толчком, возможно, Дарвин не решился бы на революционное открытие и его теория не была бы опубликована. А после выхода очерка тезисов работа над самой книгой ускорилась. Благодаря помощи друзей и конкуренции книга «Происхождение видов путем естественного отбора» была издана 24 ноября 1859 года, в тот же день все 1250 экземпляров ее тиража были проданы.
Теория Чарльза Дарвина была разработана так тщательно, опиралась на такую громаду фактов, объясняла столько загадочных явлений, наконец указывала столько новых путей для исследования, что утвердилась в науке с замечательной быстротой, несмотря на ожесточенные нападки противников. Наиболее враждебное отношение она встретила во Франции, где восторжествовала только к концу 70-х годов.
В 1871-м, когда дарвинизм был уже принят в качестве естественнонаучной концепции, вышла книга Дарвина «Происхождение человека и половой отбор», в которой показано не только несомненное сходство, но и родство человека и приматов. Чарльз Дарвин утверждал, что предок человека может быть найден, по современной классификации, среди форм, которые могут быть даже ниже, чем человекообразные обезьяны.
Задевая за живое представления о человеке, его происхождении, теория Дарвина возбудила оживленные дискуссии в литературе и прессе, в среде ученых и теологов. Гудели и спорили аудитории, в мире бушевали страсти, шла борьба за дарвинизм с одной стороны и против теории происхождения видов – с другой. Термины «дарвинист», «борьба за существование» сделались общеупотребительными; имя Дарвина приобрело такую популярность, какой не доставалось ни одному ученому, его теория произвела беспримерное в истории науки впечатление.