В письме от 14 марта 1893 года к старому другу Отто. Китцлеру мы читаем: «Представь себе: с середины января я страдаю водянкой; ноги страшно опухли, вода подступила к груди, отсюда — ужасная одышка! Профессор Шреттер отправил меня в кровать и в течение нескольких недель я питаюсь одним молоком (без хлеба); он тиранит меня: никакого пива и т. д., никаких волнений и т. п. Профессор Шреттер говорит, что опасности для жизни нет; если я буду его слушаться, то доживу до глубокой старости. Я вынужден оставить службу в Придворной капелле так же, как и в консерватории из-за болезни горла. Возможно, волнение способствовало моему горькому недугу…» Шреттер в 1890 году возглавил основанную им III медицинскую университетскую клинику в Вене. Он имел легендарную славу как клиницист и его основной интерес распространялся на заболевания органов грудной области. Опытный врач рекомендовал Брукнеру для излечения от скопления жидкости в области груди постельный режим, советовал избегать волнений и предложил меры по обезвоживанию, организма, которые заключались не только в строгом ограничении приема жидкостей, включая столь любимое Брукнером «пильзенское», но и в так называемых «молочных днях». Удрученный подобными способами лечения, Брукнер 11 февраля 1893 года писал брату Игнацу: «Спасибо за мясо, оно, наверное, очень вкусное. Но мне его нельзя, так как лежу я, прикованный к постели водянкой, и питаюсь только молоком». Возможно, Брукнеру прописали еще и дигиталис, который считался тогда стандартным средством для лечения болезней сердца.
Пациент понемногу отдыхал, хотя настроение у него было не из лучших. 10 марта 1893 года он писал своему будущему биографу Августу Геллериху: «Вода ушла из груди, но ноги еще отекают! Чувствую себя покинутым всеми». Но, тем не менее, он пытается все же шутить в письме: «А еще у меня слишком много воды в животе… Но ничего: уж лучше в животе, чем в голове». И действительно, наступило временное улучшение состояния, что позволило ему на Пасху, в соответствии со старой привычкой, съездить в монастырь св. Флориана и оттуда совершить вылазку в Штирию. Но уже в начале мая он жаловался своему ученику Виктору Кристу, что он «все время недомогает» и что «должен был три недели провести в постели», а из письма к Винсенту Финку в Линц мы узнаем, что врачи еще ужесточили режим лечения, так как «…вследствие моей опасной болезни мне нельзя будет больше сочинять».
Кратковременное улучшение позволило ему поехать в середине августа в Штирию, где он вскоре снова слег. В письме регента Штирийского хора, Франца Байера, от 21 сентября 1893 года читаем следующее: «Господин доктор Антон Брукнер уже некоторое время лежит больной и требует тщательного ухода. Врачами ему запрещена любая умственная работа». Только в конце сентября он смог вернуться в Вену, где 9 октября 1893 года получил письмо от брата Игнаца, в котором тот открыл ему, что болезнь опасна для жизни и что врачи скрыли этот факт, опасаясь за его состояние: «Я прошу, во имя Господа, береги себя, как только можешь, не ожидая ничего. Я, как брат, обязан написать тебе правду. Господин прелат (из монастыря св. Флориана —