Так как он от Либиха получил неограниченные полномочия для составления хорошего оркестра и работоспособного ансамбля, он незамедлительно отправился в Вену, где надеялся найти лучшие силы. К сожалению, вскоре состояние здоровья Вебера ухудшилось. Он чувствовал себя «очень больным», и у него была «сильная желчная лихорадка». Примерно так описал это состояние Макс Мария, в то время как в дневнике Вебера есть лишь пометка «болит горло». Он прервал свою весеннюю поездку после неудачного утреннего концерта в венском редутензале — он перед выступлением только что встал с постели. После того как Вебер приехал в Прагу, случайно пришедший к нему на квартиру граф Пахта нашел его в бессознательном состоянии. Граф немедленно приказал перенести его на носилках в свой дом, где трогательно заботился о нем. Прошло несколько недель, прежде чем Вебер немного поправился. От 23 мая в дневнике есть запись: «В первый раз встал с постели», но еще долгие месяцы его мучили головные боли. Лечил его доктор Юнг, скрипач-дилетант, с которым Карл Мария охотно музицировал. Две выдержки из писем этого времени указывают на то, что вероятно это заболевание дало резкий толчок развитию хронической болезни. Он писал Лихтенштейну: «Из-за дурацкой болезни мне было запрещено читать и писать», а своему другу Готтфриду Веберу сообщал: «что мое здоровье после болезни в мае 1813 года пошатнулось, и я недавно несколько недель снова не выходил из комнаты». Выражение «пошатнувшееся здоровье» говорит, по-видимому, о том, что улучшения чередовались с ухудшением состояния здоровья. Эти острые вспышки тлеющей хронической болезни действительно уже никогда не прекращались. Едва немного поправившись, он, не щадя себя, снова набрасывался на работу. Его рабочий день продолжался с 6 утра до полуночи. Как в свое время в Бреслау, он и здесь установил точный распорядок, выполнение которого на этот раз сумел осуществить, несмотря на сопротивление мятежного оркестра. Он был в театре все время, лично беспокоился о каждой детали, почему и не поехал на лечение в Эгер: «Чтобы укрепить свое здоровье, я должен бы поехать в Эгер на четыре недели, но не могу, так как наплыв дел, не терпящих ни минуты отлагательств, слишком велик».
Но пражский кризис не ограничился только болезнью и перегрузкой работой, его отягощал также целый ряд любовных историй. «Это мое несчастье, что в моей груди бьется вечно молодое сердце», — жаловался он иногда, и поэтому не удивительно, что он не мог должным образом противостоять попыткам сближения кокетливых театральных дам. Особенно нехорошо получилось с субреткой Терезой Брунетти, женой одного танцора, «рыжей блондинкой с полноватой фигурой, красивыми голубыми глазами, полными огня и темперамента; она была до абсурда капризна, и слухи, которые ходили о ней, что она имела большой опыт в искусстве кокетства, были правдивы, в чем Вебер убедился к своему большому огорчению». И действительно, вскоре он был настолько в ее власти, что начал вести с ней и ее послушным супругом совместное хозяйство. Кроме того, она любила унижать его другими любовными похождениями, так что он влачил жалкую, недостойную жизнь между ревностью и отчаянием, и это грозило подорвать его авторитет и уважение как музыкального директора. Письма Вебера этого времени — наглядное свидетельство полного отчаяния и горечи о себе, своей профессиональной жизни, и вполне естественно, что он не мог писать музыку. Тем не менее, именно работа в театре помогла ему преодолеть этот тяжелый кризис. Но ему был послан «спасительный ангел», который постепенно приведет его в чувство, — Каролина Брандт.