Ещё в дни венгерского восстания 1956 года в Москве возникли небольшие студенческие группы, которые выражали своё сочувствие венгерским повстанцам и осуждали советское военное вмешательство. Эти группы организовали ряд выступлений на комсомольских собраниях и распространяли листовки. В МГУ этим занимались, в частности, Л. Краснопевцева и её группа, не менее десяти членов которой было арестовано и осуждено на сроки от 3 до 10 лет заключения. В Ленинграде в 1957 году оказалась в заключении небольшая группа молодёжи, возглавляемая Револьтом Пименовым. Репрессиям подверглись группы В. Трофимова, М. Молоствова С. Пирогова и некоторые другие. Была арестована группа Ю. Машкова и В. Цехмистера, придерживавшаяся «югославского» направления. Собрания молодёжи у памятника Маяковскому в Москве становились всё более организованными и принимали явно оппозиционный характер. Один из участников собраний И. Бокштейн был арестован, а сами собрания запрещены и разогнаны дружинниками. Проводились отдельные аресты в республиках за «национализм», а в некоторых областных центрах «за критику культа личности Хрущёва». В 1960 году в Мордовии в исправительно-трудовой колонии-7 содержалось несколько сот человек, осуждённых по политическим мотивам. Разумеется, это несравнимо по масштабам с репрессиями сталинских лет, и я не могу исключить, что о большинстве арестованных студентов сам Хрущёв ничего не знал. Группы «диссидентов» конца 50 — начала 60-х годов являлись, как правило, конспиративными. Они не искали «паблисити» и не стремились установить связи с западными корреспондентами, которые в свою очередь ничего не знали о существовании этих групп. Иными словами, в годы Хрущёва имелось небольшое количество политических заключённых и не существовало открытых оппозиционных движений, которые возникли только во второй половине 60-х годов.
Надо сказать и о режиме в исправительно-трудовых лагерях. После 1955-го и особенно 1956 года режим в лагерях значительно смягчался для всех почти категорий заключённых, что вызывало постоянные протесты со стороны работников МВД. Недовольство оказалось столь значительным, что на одной из сессий Верховного Совета прозвучала редкая на таких заседаниях критика в адрес правительства за установление «курортных условий в исправительных лагерях». Хрущёв не мог не заметить, что эти слова были встречены общими аплодисментами депутатов. Склонный часто к резкой перемене настроений, он дал директиву о решительном ужесточении режима в лагерях. В Уголовный кодекс включалась статья, предусматривающая даже применение расстрела «за бесчинства заключённых, терроризирующих тех, кто встал на путь исправления, или дезорганизующих деятельность администрации».
В начале 1960 года состоялся очередной Пленум ЦК КПСС, который произвёл важные изменения в руководстве партией.
Полноправными членами Президиума ЦК стали А. Н. Косыгин, Н. В. Подгорный и Д. С. Полянский. Из состава Президиума, Секретариата и из ЦК КПСС был выведен А. И. Кириченко. Кириченко вошёл в Президиум ЦК в 1955 году и стал здесь активным сторонником Хрущёва. Хотя Кириченко имел репутацию не только грубого, но и во многих отношениях невежественного человека, он пользовался тогда полным доверием и расположением Хрущёва. В Секретариате ЦК именно Кириченко стал вскоре после июньского Пленума 1957 года вторым человеком, и он обычно председательствовал на заседаниях Секретариата и Президиума ЦК во время продолжительных поездок Хрущёва по стране и за границу. С другими членами партийного руководства Кириченко держался крайне грубо и нередко злоупотреблял властью. Инспектируя однажды южные области Украины, он оборудовал под свою резиденцию большой теплоход, превратив служебную поездку в увеселительную экскурсию. Члены Президиума ЦК предприняли совместный демарш против Кириченко, который был обвинён также в плохом руководстве народным хозяйством в 1959 году. Он лишился всех ответственных постов и был назначен директором небольшого предприятия в Пензенской, а потом Ростовской областях.
Новым секретарём ЦК КПСС был избран Ф. Р. Козлов, сохранивший и пост первого заместителя Председателя Совета Министров СССР. Отныне Козлов становится вторым человеком и в Секретариате ЦК, и в Совете Министров СССР. По своим моральным качествам Козлов мало отличался от Кириченко, и усиление власти и влияния Козлова вызвало явное беспокойство в Ленинграде, где его знали лучше, чем в Москве. Когда он возглавлял ленинградскую партийную организацию, к Хрущёву приезжала специальная делегация ленинградских коммунистов, которая просила его не рекомендовать Козлова на областной партийной конференции в качестве секретаря обкома. Однако Хрущёв взял под защиту Козлова и не стал проверять выдвинутые против него серьёзные обвинения. «Мы только рекомендуем, — заявил Хрущёв ленинградцам, — а вы можете и не выбирать Козлова своим руководителем. У вас же тайное голосование».