Но антисоветское направление не было главным в послевоенной Турции. Все страницы жизни ее спецслужб так или иначе связаны с карательными действиями внутри страны против оппозиции, включая курдов, связями с террористами и мафией, поддержкой протурецких сепаратистов в зарубежных странах.
К оппозиции внутри Турции всегда относились достаточно жестко, это касалось и коммунистов, и радикальных исламистов, и секты алавитов. В ходе военного переворота генерала Эврена в 1980 г. спецслужбы участвовали в интернировании и пытках членов исламистской Партии благоденствия, включая ее председателя Эрбакана, а также радикальных националистов партии ПНД. При ответных террористических действиях исламских радикалов в начале 80-х годов убиты некоторые сотрудники спецслужб, проявившие при путче особую жестокость; так, например, погиб начальник МИТ в провинции Адана — Урдапкул. В гибели при крушении вертолета начальника МИТ Изеттина в 1993 г. также подозревали месть курдов или исламистов. Уничтожены спецназом и лидеры алавитской секты, своеобразного ответвления ислама.
Особый размах карательные акции приобрели в Турции во время борьбы против курдского и армянского террора. В ходе рейдов по курдским селам спецназ АРРК и «Коричневые береты» прилюдно рубили головы курдам, заподозренным в контактах с Курдской рабочей партией. За членами КРП и родственными ей организациями вели охоту в Турции и в эмиграции. В начале 90-х годов в стране убито более десятка видных курдских лидеров и восемь турецких оппозиционных журналистов.
Не раз турецкий спецназ переходил границу с Ираком в поисках отходящих бойцов КРП, спецназовцы «Горных коммандос» разгромили несколько баз КРП в северном Ираке. В 1998 г. в ходе такого рейда «Коричневых беретов» в северном Ираке захвачен и вывезен в/Турцию член руководства КРП Сакык. Спустя год на территории Молдовы тайно похитили и доставили в Турцию другого лидера КРП, Сайсала. В 1998 г. сотрудниками МИТ из охраны турецкого посольства в швейцарском Берне застрелены несколько курдов, митинговавших перед зданием дипломатической миссии.
Долгая охота по всему миру на организатора и вождя КРП Оджолана закончилась в 1999 г. его захватом в центре Африки. Получив от союзников из ЦРУ и «Моссад» сведения о пребывании Оджолана в греческом посольстве в Кении, МИТ провела изощренную операцию и выкурила террориста из посольства. По дороге в аэропорт Оджолан был захвачен группой «Коричневых беретов», усыплен и доставлен на самолете в турецкую политическую тюрьму на острове Имральгв Мраморном море, где МИТ обычно прятала схваченных курдов и исламистов и где держали арестованного после военного переворота, а затем и казнили экс-премьера Мендереса. На суде в Анкаре Оджолан получил пожизненное заключение.
Такие же меры применяются и к армянским террористам различных группировок, атакующим турецкие представительства за рубежом. В 1988 г. лидер ведущей в армянском терроре группы АСАЛА Агопян убит в своей квартире в Греции. Расследование установило, что Агопяна ликвидировали наемные убийцы из числа турецких уголовников по заказу МИТ. В 80-е годы еще несколько армянских террористов в Европе и Ливане были уничтожены подобным образом.
Борясь с собственными террористами, Турция зачастую поддерживала сепаратистские движения в других странах, особенно если те тяготели к туркам в силу национальных или религиозных традиций. Открыто помогала турецким повстанцам Северного Кипра в захвате этой части острова, закрывала глаза на отправку националистами ПНД добровольцев-моджахедов на Кипр, а затем высадила на острове свой экспедиционный корпус. Инструкторы МИТ и Военной разведки прошли дороги афганского джихада, в 1992–1996 гг. воевали в Боснии против сербов, в 1998 г. объявились у албанских партизан АОК в югославском Косово. В Болгарии поддерживали местную турецкую общину, включая ее радикальную часть — группировку Адема Кедана. После свержения в Афганистане Наджибуллы поддерживали группировку узбеков МИДА Дустума, а когда тот был разбит талибами и ранен, укрывали и лечили его в Стамбуле.
Во время армяно-азербайджанской войны за Карабах МИТ и турецкие спецназовцы групп АРРК и «Горных коммандос» участвовали в боевых действиях на стороне Азербайджана, вторгались через границу в пределы Армении. В 1992 г. с их помощью в Азербайджане осуществлен переворот протурецкого Народного фронта (НФА) и у власти поставлен союзник Турции Абульфаз Эльчибей. Когда его власть пала, Эльчибея охраняли в родном нахичеванском селе Кереки бойцы спецназа Турции и офицеры МИТ. Затем Эльчибей, как и ряд его сторонников, перебрался в Турцию, где в 2000 г. он скончался в госпитале Анкары от рака.