В своих мемуарах генерал Судоплатов отмечает: «С именем Эйтингона в Испании связан ряд неизвестных эпизодов важнейших внешнеполитических акций советского руководства, осуществлённых в годы гражданской войны. Ему удалось склонить к сотрудничеству одного из основателей фашистской партии-фаланги Фердинандо де Куэста. Ему, единственному лидеру фашистов из оказавшихся в плену у республиканцев, была сохранена жизнь. Через нашего нелегала «Юзика» (Григулеви-ча) с помощью де Куэсты удалось поддерживать тайный канал в переговорах с Франко». В дальнейшем, как пишет Судоплатов, по рекомендациям Куэсты удалось выйти на ряд видных чиновников из окружения Франко и принудить их к сотрудничеству с советской разведкой. Это Эйтингон лично завербовал братьев Руанов, которые были лидерами испанских троцкистов, а также бывших анархистов Оливеро и Амундсени, членов республиканского кабинета министров, провел разведку тылов франкистов на Арагонском фронте, контролировал тайные посреднические переговоры между Хосе Эрнандесом, одним из основателей испанской коммунистической партии, и ее лидерами Долорес Ибаррури и Хосе Диасом, которые находились в Москве, и помогал наиболее важным для советской разведки лицам выехать во Францию.
Под руководством Эйтингона была проведена серия диверсионных операций, которые полностью сорвали поставки горючего для танков и грузовиков итальянского корпуса под Гвадалахарой и в результате этих диверсий он был полностью разгромлен.
Нельзя не отметить, что деятельность резидентуры НКВД в Испании проходила в исключительно сложных условиях не только потому, что была связана с боевыми действиями на фронтах братоубийственной войны. Другим осложняющим эту работу фактором была активная работа германской разведки.
Адмирал Канарис, один из крупнейших разведчиков Европы, развернул в Испании густую агентурную сеть абвера — гермайской военной разведки, работавшую более эффективно из-за того, что фашисты имели в среде чиновников и интеллигенции во многих городах и идеологическую, и социальную базу.
Только в одной Барселоне, несмотря на бесконечные проверки, которые проводила контрразведка республиканцев, действовали независимо друг от друга четыре законспирированные группы немецких агентов. Одной из задач этих групп было наблюдение за советскими советниками. Но Котов-Эйтингон умудрялся всё время быть вне зоны их наблюдения.
С именем Эйтингона связан и еще один значительный эпизод гражданской войны в Испании, который можно назвать «Испанское золото».
В 1936 году высшие руководители Испанской республики, посоветовавшись с советским руководством, решили отправить на хранение в Москву почти весь золотой запас страны. По оценкам экспертов, отправляемое золото стоило примерно 517 миллионов долларов по международному курсу.
После того, как премьер-министром Испанской республики Ларго Кабальеро и Народным комиссариатом иностранных дел СССР был подписан соответствующий договор, испанское золото было погружено в Картахене на советский пароход и отправлено на военно-морскую базу в Одессу. Оттуда его перевезли в банковские хранилища. Руководил отправкой золота Эйтингон и впоследствии сбежавший в Америку резидент НКВД в Испании А. Орлов.
Как обычно, не обошлось без внутриведомственной склоки. В начале 1939 года резидент НКВД во Франции Агаянц направил своему руководству сообщение о том, что якобы часть золотого запаса и других ценностей не была отправлена в СССР по той причине, что была израсходована или «разбазарена» республиканскими руководителями при участии руководства резидентуры НКВД в Испании.