Известие об уходе А. И. из 1-го Медицинского института распространилось в среде профессоров и преподавателей (наряду с ложными слухами об его аресте). На одном из заседаний совета профессоров одна из членов совета (профессор Ю. Ф. Домбровская) выступила с заявлением о неожиданном уходе из института одного из самых уважаемых профессоров и ученых, старейшего профессора института и предложила сохранить его в составе членов ученого совета. Предложение было принято ввиду его невинного характера и отсутствия каких-либо мотивов для отказа, т. к. формальной и открытой дискредитации А. И. не было. Узнав о том, что, не будучи уже зав. кафедрой, он остался в составе ученого совета, он добросовестно явился на ближайшее заседание, где происходила очередная защита какой-то диссертации. После процедуры защиты секретарь стала обходить членов совета, вручать им бюллетени для голосования. Дойдя до А. И., она, взглянув на список, обошла его и бюллетеня ему не вручила. А. И. понял, что принятие предложения Ю. Ф. Домбровской было простой фикцией, и больше на заседания ученого совета не являлся, не получая к тому же формального приглашения в виде повестки.
Следующим актом научно-общественного остракизма А. И. было изгнание его из редакции журнала "Архив патологии", основателем и бессменным редактором которого он был. Однажды, вскоре после изгнания из 1-го Медицинского института, он получил домой телефонограмму, приглашающую его в Министерство здравоохранения к заместителю министра по кадрам Белоусову. Проявляя трогательную заботу о здоровье А. И., как об единственной цели приглашения А. И., он обратился к нему: "Алексей Иванович, вы раньше иногда жаловались на состояние здоровья (у А. И. была невралгия тройничного нерва), вам не трудно ли быть редактором "Архива патологии", ведь это все-таки нагрузка?" Рассказывая мне об этом, А. И. со свойственным ему тонким юмором добавил от себя: "Хотя я никогда никому не жаловался на то, что мне трудно быть редактором "Архива", но раз начальство говорит, что трудно, значит - трудно". И он согласился с Белоусовым, что быть редактором "Архива", конечно, хоть и нетрудная, но все же забота. Тогда Белоусов сообщил А. И., что, учитывая это, его решили освободить от этой заботы, т. е. от обязанностей редактора "Архива патологии", и что эти обязанности временно возлагаются на ответственного секретаря "Архива", все на того же А. И. Струкова. Так А. И. был отстранен и от этой важной общественно-научной обязанности. Но Струков заболел, редакция осталась без всякого руководства, и зав. редакцией в безвыходном положении стала обращаться к А. И. за разрешением ряда вопросов, в том числе и технических, что он и делал ради журнала.
Однажды академик H. H. Аничков, президент Академии медицинских наук, при случайной встрече с А. И. на лестнице дома, где они оба жили, выразил свое возмущение по поводу отстранения А. И. от руководства "Архивом", что это недопустимо, что "Архив" не может существовать без А. И. как редактора его и что он по этому поводу поговорит с Белоусовым и сообщит ему о бедственном положении, в котором очутился журнал. О результатах этих переговоров он сообщил А. И. Белоусов сказал H. H. Аничкову, что этот вопрос он сам решить не может и выяснит его в ЦК КПСС. После выяснения его в этом высшем органе он просил H. H. Аничкова передать А. И., что ему разрешается временно текущее руководство журналом до выздоровления Струкова.