К тому времени в городе уже начали ощущать недостаток продовольствия, и люди надеялись только на одно – возвращение греческого флота, который должен был их спасти. Но Мяулис, прибывший сюда, не смог преодолеть мелей у Месолонгиона и после появления сильного флота врага вынужден был уйти. Гарнизону не оставалось ничего иного, как сдаться или сделать вылазку. Бойцы выбрали последнее; ночью 22 апреля, послав сигнал Караискакису, который должен был атаковать осаждавших с тыла, около 7 тысяч человек, среди которых были женщины и дети, приготовились прорваться через ряды врага. Солдат среди них было всего 3 тысячи. Остальные 9 тысяч, составлявшие население города, были слишком стары, больны или очень сильно привязаны к своему дому, чтобы его покинуть. Женщины облачились в мужское платье, мальчики, которые умели пользоваться пистолетами, были вооружены, а те, кто решил остаться, заперлись в разрушенной ветряной мельнице и в большом магазине, где хранился порох.
К сожалению, болгарский дезертир сообщил о предполагаемой вылазке туркам, и они успели подготовиться. Некоторое время после того, как гарнизон перебрался через ров, солдаты под командованием Боцариса, Кицоса, Цавеласа и Макриса ждали под огнем появления Караискакиса, но так и не дождались его. Тогда они с криками «Вперед!» бросились на осаждавших, перерезали артиллеристов и проложили себе дорогу к открытой местности; однако людей, оставшихся позади, охватила паника, они закричали: «Назад!» – и в ужасе побежали в город.
Те, кому удалось из него вырваться, попали в албанскую засаду, и уцелевшие в бою с трудом добрались до лагеря Караискакиса.
На следующее утро в город вошли войска Ибрахима, но встретили яростное сопротивление тех, кто в нем остался. Кто-то предпочел взорвать пороховые склады и погибнуть, чем попасть живыми в руки врага. Было подсчитано, что из тех, кто сумел бежать, выжило около 2 тысяч человек, а 3 тысячи было взято в плен. Среди тех, кто погиб, были Мейер, редактор газеты, выходившей в Месолонгионе, и магнат-патриот Патрас Пападиамантопопулос. Эти и подобные им люди подарили маленькому городу в Греции славу, которая будет жить столько же, сколько и весь греческий народ. Ежегодно в память о героической вылазке в нем проходит торжественная процессия. А вторая осада Месолонгиона заняла свое место среди других знаменитых осад в истории.
После падения этого неприступного места паши расстались: Ибрахим-паша вернулся в Морею и принялся ее грабить, а Решид Мехмед-паша остался, чтобы усмирить Западную Грецию. А тем временем новый поворот, который приняла война после вторжения египтян, заставил греков задуматься о мире. При этом они надеялись не потерять независимость, которая была куплена такой дорогой ценой – пятью годами непрерывных боев.
Внешние проблемы и домашние неурядицы убедили большую часть греков в том, что необходимо поискать защиты у какой-нибудь великой державы. Одна часть населения выступала за Россию, другая предлагала в качестве кандидата на греческий трон герцога де Немура, а третья мечтала о том, чтобы вся страна, подобно Ионическим островам, стала владением Великобритании. Это предложение было принято Ассамблеей в Нафплионе в августе 1825 года.
Решение греческого народа усилило позицию Джорджа Каннинга, британского министра иностранных дел, а Стратфорд Каннинг, новый британский посол в Стамбуле, направляясь в Англию, встретился с Маврокордатосом на острове Идра, чтобы обсудить условия британского посредничества. Ассамблея дала послу все полномочия для проведения переговоров от имени Греции, включая остров Крит, как подчиненной автономии под суверенитетом султана.
А тем временем герцог Веллингтон убедил нового русского царя Николая I ратифицировать подписанный 4 апреля 1826 года протокол, который даровал бы грекам, при условии выплаты ежегодной дани султану, эксклюзивное право на управление своими внутренними делами. Это был первый эффективный экономический шаг мировых держав в деле обеспечения независимости Греции.
Летом 1826 года Решид Мехмед перешел из Западной Греции в Аттику, чтобы осуществить следующую важную операцию войны – осаду Афин. 15 августа он взял город штурмом, заставив его защитников запереться в Акрополе; ими тогда командовал Караискакис, которого вновь избранный исполнительный комитет под председательством Андрея Заимиса назначил главнокомандующим в Восточной Греции. Ему вместе с полковником Фавье, опытным французским офицером, греческое правительство поручило создать регулярную армию, после чего они предприняли попытку освободить город. Турки разгромили греческие войска у Чайдари, неподалеку от монастыря Дафны, и продолжали обстреливать Акрополь, как это делал Морозини 140 лет до этого, и рыть подкоп в театре Одеон Герода Аттика.