Таковая несомненная польза, приносимая сыскному делу неутомимою и энергическою деятельностью Действительного Статского Советника Путилина, обязывает меня изложенные обстоятельства представить благосклонному вниманию Вашего Сиятельства и почтительнейше ходатайствовать об испрошении сему чиновнику к празднику Св. Пасхи Высочайшей награды, показанной в прилагаемом при сем наградном списке.
Приказ по Санкт-Петербургскому градоначальству и полиции от 8 апреля 1884 года № 98 сообщил, что Путилин награжден орденом Святого Станислава 1-й степени.
10 января 1886 года по докладу министра финансов Ивану Дмитриевичу за расследование похищения из Государственного банка вклада отставного генерал-майора Болонина пожаловали перстень с вензелевым изображением имени императора и денежную награду из прибылей банка на сумму 6200 рублей, которую распределили между сотрудниками, содействовавшими обнаружению виновных.
20 февраля 1886 года приказ № 51 объявил о решении чинами Сыскной полиции другой запутанной задачи по розыску и задержанию подозреваемых в тяжком преступлении: «Благодарность: 26 Января прошлого года, в 10 час. вечера был поднят на Михайловской площади, в бесчувственном состоянии один хлебный торговец, заявивший, по вытрезвлении, о похищении у него % бумаг на сумму 46 500 руб.
Несмотря на затруднительность розысков как по многочисленности лиц, которых можно было заподозрить в совершении похищения, так и в особенности потому, что потерпевшее лицо, находясь в бессознательном состоянии, не могло указать ни времени, ни места похищения у него денег, — Помощник Начальника Сыскной Полиции, Коллежский Советник Виноградов и чиновник для поручений той же Полиции Шереметьевский, руководимые в течении целого года в розысках по сему делу Начальником Сыскной Полиции, Действительным Статским Советником Путилиным, достигли полного успеха в раскрытии этого преступления, обнаружив не только обвиняемых, но и розыскав из числа похищенных до 45 000 руб.
Отнеся успех столь сложного и трудного дознания прежде всего к руководившему розысками и направлявшему их с благоразумною осторожностью Действительному Статскому Советнику Путилину, а затем к энергической, но требовавшей особого при этом внимания и особого усердия, деятельности Коллежского Советника Виноградова и Титулярного Советника Шереметьевского, я считаю приятной обязанностью выразить Действительному Статскому Советнику
13 июля 1888 года письмом за № 3765 градоначальник известил Путилина о благодарности от главнокомандующего войсками Гвардии и Санкт-Петербургского военного округа великого князя Владимира Александровича за раскрытие преступления в одной из гвардейских частей:
«Его Превосходительству И. Д. Путилину.
Милостивый Государь, Иван Дмитриевич.
Начальник Штаба войск Гвардии Петербургского военного округа письмом от 8 сего Июля за 2955 уведомил меня, что по докладу Его Императорскому Высочеству Главнокомандующему войсками, сообщения моего о благоразумной распорядительности и находчивости Сыскного Отделения, Великий Князь Владимир Александрович приказал выразить Вашему Превосходительству и Чиновнику Шереметьевскому искреннюю благодарность Его Высочества, за деятельное и вполне успешное содействие к открытию следов преступления, совершенного в 4-й батарее Л. гв. 2 Артиллерийской бригады.
Сообщая о сем Вам, прошу принять уверение в совершенном почтении и преданности.
1 января 1889 года Путилина наградили орденом Святой Анны 1-й степени, однако окончательно подорванное на службе здоровье не оставило ему шансов продолжать любимое дело.
Иван Дмитриевич подал прошение об отставке на имя императора Александра III:
«Ваше Императорское Величество,
Всемилостивейший Государь