Далее Лютер утверждал, что священник не в силах совершать того, что, по утверждению Церкви, происходит во время мессы. Он не "творит Бога" и не "приносит в жертву Христа". Проще всего было бы выразить эту точку зрения, сказав, что Бог не присутствует в мессе, а Христос не приносится в жертву. Но Лютер был готов признать лишь последнее. Христос не приносится в жертву, поскольку Его жертва была совершена единожды и за всех на кресте, но Бог присутствует в хлебе и вине, поскольку Христос, будучи Богом, провозгласил: "Сие есть Тело Мое". Повторение этих слов священником, однако, не превращает хлеб и вино в тело и кровь Божьи, как учит католическая Церковь. Согласно учению о пресуществлении, хлеб и вино сохраняют свою форму, вкус, цвет и так далее, но утрачивают свою субстанцию, которая заменяется субстанцией Божьей. Отрицая это положение, Лютер в большей степени основывался на Писании, чем на логике. Перед ним как Эразм, так и Меланхтон указывали на то, что концепция субстанции основывается не на Библии, но выведена посредством схоластических умозаключений. По этой причине он вообще отказывался использовать ее, и его нельзя считать сторонником доктрины пресуществления. Для него таинство не было подобно падению тела Божьего с небес. Богу нет нужды низвергаться с небес, поскольку Он вездесущ и присутствует везде как поддерживающая и дарующая жизнь сила. Христос же, будучи Богом, также присутствует во всей Вселенной, но присутствие это скрыто от взора человеческого. По этой причине Бог избрал явить Себя человечеству на трех уровнях откровения. Первый из них - Христос, в Котором Слово стало плотью. Второй - Писание, где записано Слово произнесенное. Третье - таинство, в котором Слово являет Себя в еде и питье. Таинство не вызывает Бога подобно Аэндорской волшебнице, но являет Его там, где Он есть.
Прерогативы священника ограничивались в той же степени, в которой уменьшались и возможности, которыми он наделялся. Согласно католическому уложению, одно из различий между клиром и мирянами заключалось в том, что лишь священник причащается вином во время мессы. Ограничение это вызывалось опасением, что по своей неловкости мирянин может пролить Кровь Божью. Испытывая не меньшее благоговение по отношению к таинству, Лютер тем не менее не считал нужным оберегать его путем введения кастовой системы в Церкви. Несмотря на опасность, к чаше следовало допускать всех верующих. В его дни подобное заявление звучало весьма дерзко, поскольку требование допустить мирян к чаше причащения было кличем богемских гуситов. Обосновывали они его ссылкой на слова Христа, сказавшего: "Пейте из нее все". Католические истолкователи объясняли, что слова эти адресованы одним лишь апостолам, которые все были священниками. Лютер соглашался с этим, но одновременно язвительно указывал, что все верующие - священники.
Подобная точка зрения была чревата далеко идущими последствиями для доктрины о Церкви, и собственные взгляды Лютера на Церковь проистекали из его теории таинств. Выводы его в этой области не отличались, однако, ясностью, поскольку точка зрения Лютера на Вечерю Господню несколько противоречила его взглядам на крещение. Вот почему он мог быть одновременно в некотором смысле отцом конгрегационализма анабаптистов и территориальной церкви более поздних лютеран.
Его позиция по Вечере Господней вела к Церкви, состоящей из одних лишь убежденных верующих, поскольку он заявил, что действенность таинства зависит от веры получающего его. В таком случае оно должно быть в высшей степени индивидуально, поскольку индивидуальна вера. Всякая душа, настаивал Лютер, предстает обнаженной перед Творцом. Никто не может умереть вместо другого человека. Каждый должен пройти смертные муки в одиночку. "И тогда меня не будет с вами, а вас со мной. Каждый должен отвечать за себя". И сходное с этим высказывание: "Месса есть Божественное обетование, которое не может никому помочь, не применимо ни к кому, не может считаться ходатайством за кого-либо и никто, кроме самого верующего, не может воспринять его. Кто способен принять или применить к другому обетование Божье, предполагающее индивидуальную веру?"