За успехи в разведывательной деятельности генерал-майор Агаянц был награжден орденами Ленина, Красного Знамени, Трудового Красного Знамени, Отечественной войны 2-й степени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, а также нагрудными знаками «Заслуженный работник НКВД» и «Почетный сотрудник госбезопасности». 12 мая 1968 года Ивана Ивановича Агаянца не стало.
В некрологе для сотрудников внешней разведки, подписанном А.М. Сахаровским, говорилось: «На всех участках работы почетный сотрудник госбезопасности генерал-майор Агаянц проявил себя талантливым и энергичным организатором, умным и вдумчивым человеком, обаятельным другом и товарищем... Его деятельность на практической агентурно-оперативной работе за рубежом была чрезвычайно продуктивной. Достаточно сказать, что в период командировки он лично завербовал несколько ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения важной документальной информации... Несомненен и очевиден также личный вклад И.И. Агаянца в разработку и осуществление крупных комплексных активных мероприятий, нанесших видимый и зримый ущерб противнику».
Любая историческая эпоха, содержание которой характеризуется острым противоборством в обществе, всегда порождала и выдающихся руководителей, и выдающихся работников-исполнителей, чьим трудом и чрезмерными усилиями, потом и кровью осуществлялись передовые идеи того времени.
Сахаровский, родившийся в 1909 году, и Агаянц, родившийся в 1911 году, принадлежат к представителям того поколения советских людей, чьи молодые годы пришлись на период активного строительства нового государства, а зрелость — на восстановление его экономики после разрушительной войны. Их поколение впитало от своих предшественников романтическое стремление к новой жизни и неуемную энергию в борьбе за эту жизнь как на мирном трудовом фронте, так и с оружием в руках, если в этом возникала необходимость.
Их пути сошлись в сентябре 1947 года, когда Иван Иванович вернулся из Парижа в Москву и возглавил одно из управлений Комитета информации при СМ СССР, как тогда называлась разведка. К тому времени за плечами Агаянца был уже семнадцатилетний опыт работы в органах государственной безопасности и внешней разведки.
Сахаровский в то время занимал должность начальника 2-го отдела в управлении, которое возглавил Агаянц. Общение с Агаянцем, который был не только талантливым разведчиком, но и видным политиком и дипломатом, значительно расширило кругозор Сахаровского, приучило его не замыкаться в рамках узковедомственных интересов. Безусловно, школа Агаянца в дальнейшем способствовала успешной работе Сахаровского на посту начальника внешней разведки.
Именно Иван Иванович рекомендовал в октябре 1948 года Сахаровского на должность заместителя начальника одного из управлений Комитета информации. Вновь их пути сошлись при создании в 1959 году во внешней разведке подразделения, на которое были возложены задачи по подготовке и проведению активных мероприятий за рубежом.
В конце 1965 года начальник внешней разведки А.М. Сахаровский подписал следующую характеристику на И.И. Агаянца:
«Полковник Агаянц И.И. в разведке работает более 30 лет, с 1940 года — на руководящих должностях, трижды находился в долгосрочных командировках в капиталистических странах, причем дважды в качестве резидента КГБ. Завербовал несколько ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения весьма важной документальной информации.
С 1959 года работает начальником отдела активных мероприятий.
И.И. Агаянц обладает обширными знаниями. Исключительно инициативен и трудолюбив, в коллективе пользуется большим авторитетом как один из наиболее квалифицированных и заслуженных сотрудников разведки.
В настоящее время И.И. Агаянц занимает должность, которая по перечню должностей не подлежит замещению генералами. Однако, учитывая заслуги и многолетнюю деятельность И.И. Агаянца в органах разведки, а также то, что он многие годы занимал должности, подлежащие замещению генералами, считаем возможным в порядке исключения представить его к присвоению звания генерал-майора».
16 декабря 1965 года Совет Министров СССР принял постановление о присвоении Ивану Ивановичу Агаянцу звания генерал-майора.
Выходцем из подразделения, которым руководил Агаянц, являлся и будущий заместитель председателя КГБ СССР—начальник Второго главного управления генерал-полковник Григоренко Григорий Федорович. В 1959—1961 годах он занимал должность заместителя Агаянца, а с марта 1962 по 1969 год возглавлял подразделение внешней контрразведки.