Счетная палата по результатам проверки деятельности Госкомимущества в 1992-94 годах отмечала: «Особую тревогу вызывает захват иностранными фирмами с попустительства руководства ГКИ контрольных пакетов акций ведущих российских предприятий оборонного комплекса и даже целых его отраслей. Американские и английские фирмы приобрели контрольные пакеты акций МАПО «МиГ», ОКБ «Сухой», ОКБ «Яковлева», Авиакомпании им. Илюшина, ОКБ им. Антонова, производящих сложные комплексы и системы управления полетами летательных аппаратов».
Подчеркивалось, что Россия не только утрачивает право собственности на многие оборонные предприятия, но и теряет право управлять их деятельностью. Трезвомыслящие люди в правительстве возмущались этим «растащиловом», отмечали, что в Госкомимуществе начальником является Джонатан Хэй, а Чубайс пляшет под его дудку, решая вопросы приватизации исключительно в пользу иностранцев и транснациональных корпораций.
Чубайс корректировал развитие основных важнейших отраслей экономики под влиянием своих покровителей из «Вашингтонского обкома». В руководимом Чубайсом Госимуществе, главном центре по проведению приватизации, работали и имели постоянные пропуска 32 иностранных советников. Они, несомненно, как сообщали источники ФСБ, имели отношение к деятельности зарубежных спецслужб и бизнесу.
По распоряжению Чубайса эти советники были допущены к самым секретным материалам и были осведомлены обо всех направлениях деятельности ведомства. И, что самое главное, имели доступ «в святая святых» — в компьютерный Центр ГКИ, где хранилась информация о готовящихся торгах. Таким образом они своевременно получали информацию о конкурсах, залоговых аукционах, о том, какие условия будут выставлены, объеме разового платежа, о дате и месте проведения торгов.
Органы госбезопасности своевременно информировали руководство страны о ситуации в Госкомимуществе, о том, что среди многочисленного штата иностранных советников есть действующие сотрудники ЦРУ, в частности, Джонатан Хэй и другие. Не случайно этих людей в России лично курировал тогдашний директор ЦРУ Джордж Тенет, а для обработки полученных в РФ новых оборонных технологий в НАТО была утверждена специальная программа.