Но судьба Шванвича решалась в Москве, где в ноябре 1774 г. в Тайной экспедиции производилось следствие над Пугачевым и ближайшими его сподвижниками, а в конце декабря открылся судебный процесс. Сенат приговорил Шванвича к лишению чинов, дворянства и к пожизненной ссылке в Сибирь. 10 января 1775 г. на Болотной площади казнили пятерых осужденных во главе с Пугачевым, подвергли экзекуции и клеймению приговоренных к каторге, а над Шванвичем был произведен обряд гражданской казни. Сразу же после того он был отправлен под конвоем в Тобольск. Конвойный офицер вез сенатский указ к сибирскому губернатору Д. И. Чичерину, предписывающий ему назначить место ссылки Шванвичу, где бы тот содержался «с возможною осторожностию, дабы иногда не сделал утечки»{81}
. 31 января Чичерин сообщил Сенату, что Шванвич отправлен в ссылку в Сургут, а одновременно просил указаний о кормовом довольствии ссыльного{82}. Стоящий на правом берегу Оби острог Сургут, затерянный среди глухой тайги и гиблых болот, в 800 верстах от Тобольска, был по каким-то причинам признан Сенатом непригодным местом для ссылки Шванвича, а потому и было решено сослать его подалее, в заполярную Мангазею[19], «в такой город, откуда уйти не может», что же касается пропитания ссыльного, то «никакой из казны выдачи производить не следует…, а дать ему свободу питаться своею работою», о чем и был послан 17 марта указ к Чичерину. Получив этот указ, Чичерин 21 мая 1775 г. рапортовал Сенату, что он дал распоряжение об отправлении Шванвича из Сургута «до Томска, оттуда в Енисейск, а из сего места и в Мангазею»{83}.Прошло 25 лет, и в самом начале XIX в. имя ссыльного Шванвича вновь появилось на бумагах столичных канцелярий. В марте 1801 г. на престол вступил Александр I, начался период некоторых преобразований государственного управления. Была упразднена Тайная экспедиция Сената. Для пересмотра участи лиц, осужденных по решениям Тайной экспедиции, в 1801 г. была создана Комиссия по пересмотру прежних уголовных дел, начавшая свою деятельность со сбора ведомостей о каторжных, ссыльных, тюремных и монастырских арестантах. В ведомости, присланной в комиссию из Сибирской губерний, значились находившиеся в Туруханске ссыльные, А среди них Михаил Шванвич вместе с двумя другими пугачевцами — яицким казаком Семеном Толкачевым и сибирским крестьянином Степаном Арзамасцевым{84}
. По поводу всех ссыльных пугачевцев комиссия 18 апреля 1802 г. подала Александру I доклад, высказав мнение о желательности оставить этих ссыльных в прежнем положении, без какого-либо облегчения участи. Согласившись с мнением комиссии, Александр I утвердил доклад, распорядившись: «Быть по сему»{85}. «Либеральный» Курс правления Александра I не коснулся судьбы ссыльных пугачевцев. В ноябре 1802 г. Михаил Шванвич скончался и был погребен в Туруханске{86}.