В это время на южных границах назревали события, толкавшие Россию к войне с Турцией. И когда начались военные действия, Шамиль предпринял попытку соединиться с турецкой армией, но при прорыве на Лезгинской линии, у Закаталы, потерпел неудачу. В 1854 году англо-французская армия заняла Анапу и намеревалась захватить весь Кавказ. Турецкие войска Омер-паши, подготовленные английскими военными инструкторами, повели наступление на Тифлис. А Шамиль прорвался всё-таки через Лезгинскую линию в Кахетии. В новом своём звании генералиссимуса, присвоенном ему султаном, он захватил Цинандали, и судьба Грузии висела уже на волоске.
Генерал М. С. Воронцов не годился в такой ситуации для роли главнокомандующего. Император Николай I вынужден был пригласить к себе Н. Н. Муравьёва и лично просил его принять командование Кавказской армией. Приехав на Кавказ в 1855 году, он сумел собрать все внутренние резервы края для нанесения решительного удара по туркам, не прося у казны дополнительных средств. Огромную роль сыграла его дипломатическая тактика по отношению к Шамилю, которая способствовала удержанию имама в бездействии весь остаток войны. Не возымели действия даже обещания султана определить «…каждому горцу по десяти рублей в месяц».[843]
Шамиль, благодаря вернувшемуся к нему сыну, служившему ранее офицером в русской армии, несколько изменил свою позицию. Между русскими и горцами начались пограничные мирные встречи, где в процессе контактов с воинами Шамиля, включая обмен товаром, устанавливались дружеские отношения и связи. Даже сам Шамиль, одобряя политику наместника Муравьёва, прислал ему «…с прибывшим для переговоров об обмене пленных чиновников изъявление своего почтения».[844]К концу Крымской войны, когда турецкая армия была разгромлена, Шамиль окончательно потерял надежду на положительный исход событий. Русская армия была сильна, и борьба с ней предстояла трудная. Но главная сложность заключалась в том, что имамат претерпевал глубокий кризис. К этому времени все влиятельные мюриды Шамиля — наибы, уздени и шейхи — обогатились от присваиваемых крестьянских взносов на священную войну и превратились сами в типичных феодалов. Всё это происходило на глазах простых горцев, положение которых только ухудшалось. Авторитет имамата падал. Социальные противоречия, большие людские потери за долгую войну и само жестокое правление Шамиля вызывали возмущение простых горцев. Они стали отходить от войны с русскими и даже восставать против самого имама.
После завершения Крымской войны Кавказская армия была доведена до 200 тысяч человек. Началось решительное наступление на горные районы Чечни с прочным закреплением занятых территорий. Шамиль был оттеснён войсками генерала Евдокимова в горные районы Дагестана. Отрезанный от Чечни, он лишился продовольственной базы. В горах, где скрывались воинственно настроенные горцы, начался повальный голод. Под давлением русской армии районы Дагестана постепенно стали превращаться в мирные поселения, и только имам, отступая всё дальше в горы, продолжал с горсткой мюридов оказывать сопротивление. Но дни его свободы уже были сочтены. 1 июля 1859 года русские войска выбили его из аула Ведено, и он с оставшимися своими 400 отчаянными приверженцами бежал в своё последнее убежище — хорошо укреплённый аул Гуниб, находящийся в горном Дагестане и расположенный на высокой горе.
Предстояло жестокое сражение. Командующий русскими войсками, обложившими укрепление, генерал-адъютант князь А. И. Барятинский 22 августа направил в аул письмо с обращением, в котором писал: «…Чтобы избежать нового пролития крови для окончательного водворения в целом крае спокойствия, я требую, чтобы Шамиль неотлагательно положил оружие. Если он исполнит моё требование, то я… объявляю ему… на Гунибе полное прощение…» И тут же — «По сдаче Шамиля Государь Император сам изволит определить размер денежного содержания ему с семейством… Если же Шамиль до вечера завтрашнего дня не воспользуется великодушным решением Императора… то бедственные последствия его личного упорства падут на его голову и лишат его навсегда объявляемых ему мною милостей».[845]
Но предложение Шамилем было отвергнуто. Три дня с горсткой мюридов и одной пушкой он ожесточённо отбивался от осаждавших, хорошо вооружённых русских войск. 25 августа 1859 года Гуниб был взят штурмом. Сам Шамиль вынужден был сдаться с горсткой оставшихся в живых людей. «30 августа пушечные выстрелы с Метехского замка… возвестили о взятии Шамиля и покорении Восточного Кавказа, — писали армяне генералу Барятинскому, — и мы от мала до велика были в упоительном восторге от успехов русского оружия».[846] Подобные поздравления посыпались на имя Барятинского от других народностей Кавказа.В честь такой знаменательной победы 15 июля 1860 года императором Александром II была учреждена серебряная медаль, диаметром 28 мм.