В начале 1923 года Нансена приглашают в Россию и на Украину, где с помпой чествуют за оказание помощи голодающим и в связи с присуждением Нобелевской премии. В Москве у него состоялась длительная беседа с Троцким, после чего был устроен приём в его честь. На приёме он говорил, как писала 4 февраля 1923 года газета «Известия», что горд тем, что получил возможность протянуть руку помощи великому русскому народу, строящему новую жизнь и стремящемуся возродить могущество великой нации. Был также устроен приём в Харьковской государственной опере, за который Нансен тепло поблагодарил устроителей.
Три недели спустя, как установил П. Э. Хегге, 13 февраля 1923 года, харьковская газета «Коммунист» сообщила о том, что оба директора оперы арестованы на семь дней, заместитель уволен, местный руководитель Красного Креста также арестован на три дня, а два посредника, работавших с иностранными организациями по оказанию помощи на Украине, получили строгий выговор. Местный представитель АРА объясняет в отчёте причины этого следующим образом: 1) напитки не были готовы к приходу гостей и так и не были поданы; 2) скатерть была грязная и 3) после мероприятия недосчитались стульев.
Неизвестно, сообщили ли Нансену об этой расправе. Как бы то ни было, он узнал о ней. Позже он забил тревогу, когда советские представители завели речь о возможном экспорте зерна урожая 1923 года. Это решение, сформулированное московским руководством на XII съезде партии в апреле этого года, должно было заставить крестьян напряжённо трудиться. Тогда уже было начато претворение в жизнь новой экономической политики (НЭП), и крестьянам, как известно, велели, по выражению Николая Бухарина, «обогащаться». Ленин вследствие тяжёлой болезни уже вышел из игры.
Нансен полагал, что помощь по-прежнему необходима, а заявление об экспорте российского зерна сильно затруднит сбор средств в Западной Европе. Однако, поскольку в течение осени 1922 года положение намного улучшилось, было принято решение о свёртывании кампании помощи, и в августе 1923 года иностранные организации по её оказанию прекратили свою деятельность.
Практически сразу после этого ужесточились меры в отношении людей, работавших с организациях по оказанию помощи, их стали преследовать за контакты с иностранцами и контрреволюционную деятельность. Так, в апреле 1924 года была арестована Елена Левашова, секретарь и переводчик Нансеновской миссии. Лишь после многократных обращений и самого Нансена, и его коллег-иностранцев к М. И. Калинину и министру иностранных дел М. М. Литвинову её удалось вернуть из ссылки в Пермь.
В 1924 году Нансен получил от Совета Лиги Наций поручение заняться армянскими беженцами. Как и несколько лет назад, он сначала отказался, поскольку не видел возможности оказать сколько-нибудь эффективную помощь, и по-прежнему хотел заниматься исключительно наукой, а эта возможность всё никак ему не представлялась. До этого, уже на первой сессии Лиги Наций, Нансен внёс предложение о приёме Армении в её члены и подчеркнул, что армяне нуждаются в помощи. Во время второй сессии он вновь поднял этот вопрос, и по предложению Роберта Сесила единогласно была принята резолюция, в которой была зафиксирована необходимость «дать родину» армянскому народу. На мирной конференции в Лозанне это требование вновь было высказано лордом Керзоном, который назвал армянский вопрос «одной из позорнейших страниц мировой истории». Но мирный договор был подписан в таком виде, точно никаких армян на свете не существует.
Напомним, что геноцид (истребление и перемещение в условия, приводящие к неминуемой гибели) армян был осуществлён в 1915 году и продлился до 1923 года на территории, контролируемой властями Османской империи и кемалистской Турции. По последним данным, было уничтожено тем или иным способом около 1,5 миллиона армян. Основная часть армянской диаспоры была образована в результате геноцида армян.
Вот что писал в изданной в 1923 году в Париже книге «Армения и Ближний Восток» сам Нансен: