После длительных стычек и примирений в начале 1905 года норвежское коалиционное правительство либерала К. Миккельсена (бывший мэр Бергена, приветствовавший Нансена после экспедиции на «Фраме»), в которое входили и консерваторы, провело через стортинг закон о самостоятельной норвежской консульской службе. На это последовало вето короля Оскара II. Правительство Миккельсена подало в отставку, которую король не принял — он просто мог сформировать иной кабинет.
7 июня 1905 года Стортинг принял единогласное решение о расторжении унии со Швецией, а полномочия короля передал правительству. Одновременно норвежский парламент обратился к Оскару II с просьбой разрешить одному из принцев династии Бернадотов занять трон Норвегии.
В августе был проведён всеобщий референдум, на котором за сохранение унии высказалось только 184 человека.
Швеция поняла, что унию необходимо расторгать — иного выхода нет, и конвенция была подписана в октябре.
На повестке дня стал вопрос о новом короле.
Нансен всегда в большей или меньшей степени интересовался политикой.
Вместе с отцом и братом ещё семнадцатилетним юношей он отправился на знаменитое собрание 13 марта 1879 года в Кристиании, где речь шла о норвежском флаге. Там присутствовал весь цвет Норвегии — учёные, политики, музыканты, художники, писатели. Мнения у всех были разные, но в одном все были едины — у Норвегии должен быть собственный флаг, исключительно норвежский.
Отец Нансена был сторонником унии и резко выступал против разрыва договора со Швецией. Он даже вступил по этому поводу в полемику с Бьёрнсоном. Тех же взглядов придерживался и его сын Александр, который в университете возглавлял движение студентов, выступавших в защиту шведского короля.
Фритьоф же был за независимость родной страны и много раз заявлял об этом устно и письменно. Однако дружбу между братьями эти разногласия никогда не омрачали.
Уже названия его пяти статей, написанных в феврале — марте 1905 года, свидетельствуют об их целенаправленности: «Мужество», «Путь», «Мужчины», «Мод», «Легкомыслие», «Воля». «Речь идёт сейчас ни больше ни меньше, как о самостоятельности и чести Норвегии», — пишет Нансен в одной из статей. Эта позиция его тверда и неизменна, он проводит её во всех своих выступлениях. «Король, — пишет он в другом месте, — обязан прежде всего охранять самостоятельность и честь нации. На то он и король. Воля норвежского короля не может быть иной, чем воля народа».
В другой статье Нансен призывает норвежцев:
«К смелости! Нас пытаются запугать тем, что дело станет серьёзным, если мы пойдём по прямому пути, единственному, который мы считаем ясным и приемлемым… Нас пугают тем, что мы склоняемся к незаконному положению, что на долгое время будем изолированы в Европе, что будем под угрозой нападения Швеции. Извечный страх! И никто не говорит о смелости. А разве весь народ не может быть смелым? Когда-то, во всяком случае, Норвегия обладала смелостью…»
«Вклад Нансена в разрешение конфликта вокруг унии довольно значителен и свидетельствует о политическом и дипломатическом таланте Нансена, — пишет П. Э. Хегге. — Он проявил необычную для себя способность к компромиссам; будучи радикально настроенным республиканцем, он стал одним из первейших поборников монархии, поскольку считал, что позиция Норвегии как королевства будет сильнее. Уже в 1905 году очень многие полагали, что он должен войти в правительство. Согласно конституции, членами королевского совета могли стать только те, кто был сторонником государственной церкви. Нансен же был убеждённым атеистом и мысли не мог допустить, что путь к месту в королевском совете лежит через мессу».
К Нансену неоднократно обращались политики. Один из них писал: