Была также предпринята очередная попытка убить всесильного консула. Для этого во французскую столицу был направлен вождь вандейских мятежников свирепый Жорж Кадудаль. Тайно в Париж пробрался и генерал Пишегрю – в свое время самый успешный из военачальников французской армии, высланный из страны в результате разгона Директорией роялистской оппозиции во фрюктидоре 1797 года. За границей Пишегрю вошел в контакт с контрреволюционной эмиграцией и теперь должен был помочь Кадудалю свергнуть Наполеона. Заговорщики вели переговоры и с Моро. С некоторых пор этот генерал стал своеобразным знаменем оппозиции – причем, скорее антидиктаторской, нежели роялистской. Победы Моро в Германии были сравнимы по блеску и значению с итальянскими викториями самого Бонапарта, его любили солдаты и уважали политики. Держась до поры до времени в тени, генерал, тем не менее, отваживался отклонять приглашения в гости от первого консула. Когда Бонапарт и его свита переезжали в новые дворцы, Моро вел подчеркнуто скромный образ жизни. Было известно, что французские корабли в Булони он иронично называет «лоханками», весь созданный там военный лагерь «школой купальщиков», а орден Почетного легиона – «орденом почетной кастрюли». В нем видели верного последователя республики, но и монархистам Моро мог пригодиться во время совершения переворота.
Однако наполеоновская полиция раскрыла англо-роялистский заговор и, приняв беспрецедентные и оперативные меры, смогла «взять» всех основных действующих лиц готовящегося покушения. Моро был арестован и выслан из страны, Пишегрю покончил с собой в тюремной камере, Кадудаль был казнен. В ходе расследования было выявлено, что в тех или иных подозрительных отношениях с заговорщиками находились очень многие должностные лица, в том числе те, кого возвысил именно Наполеон. Большинство из них консул не тронул. В целом, он не имел больших иллюзий по поводу преданности целого ряда окружавших его людей. Фрондерство в той или иной степени было характерно не только для всегда готовых на предательство Талейрана и Фуше. Опасные разговоры велись в домах Сиейеса, генерала Бернадотта и даже в салоне сестры Наполеона Элизы. Жадные до власти и денег братья консула Люсьен и Жозеф не стеснялись обсуждать свои перспективы в случае смерти своего высокопоставленного родственника. Бонапарт старался действовать против всех этих людей не репрессиями, а политическими мерами. За Талейраном и Фуше был установлен пристальный контроль, Люсьен и Жозеф в свое время были удалены из Парижа.
Заговор Кадудаля имел своим результатом резонансное дело герцога Энгиенского. Когда Наполеон разговаривал о последних событиях в Париже с Талейраном, тот сказал, что, по всей видимости, роялисты думают, что кровь консула менее ценна, чем их собственная. Это привело консула в крайнюю степень раздражения, а министр иностранных дел подсказал мысль о том, как можно отомстить врагам и показать, что Франция не собирается реставрировать власть Бурбонов. В Бадене находился принц из рода Бурбонов – герцог Энгиенский. Никакого отношения к каким-либо заговорам не имел как раз он, но именно на него излил весь свой гнев Бонапарт. По его приказу при полном бездействии баденских властей отряд французских жандармов вывез герцога во Францию, а военный суд быстро приговорил его к смерти. Казнь герцога Энгиенского в марте 1804 года ужаснула Европу, в первую очередь королевские дома. Опять о Наполеоне говорили как о «корсиканском чудовище» и «революционере», хотя он был очень далек от революционных идей. Расстрел в Венсенском замке снова осложнил отношения Франции с Россией. В ответ на требования объяснений со стороны царского поверенного Наполеон ответил известным письмом, в котором говорилось следующее: «Жалоба, предъявляемая сейчас Россией, побуждает задать вопрос: если бы стало известным, что люди, подстрекаемые Англией, подготавливают убийство Павла и находятся на расстоянии одной мили от русской границы, разве не поспешили бы ими овладеть?» Это был удар ниже пояса – в Зимнем дворце продолжали придерживаться официальной версии об апоплексическом ударе, а в письме Бонапарта содержался явный намек на то, что Александр не остановил вовремя убийц своего отца.