Мюрат долго преследовал бегущих пруссаков, в Веймаре он нагнал и уничтожил большинство из них (и многих жителей города, просто попавшихся под горячую руку)[19]. Огромное количество прусских солдат было убито, еще больше пропало без вести. День 14 октября стало роковым не только из-за Йены. В этот же день возле Ауэрштедта в 20 километрах от Йены маршал Даву силами одного своего корпуса разгромил войска герцога Брауншвейгского, причем сам герцог погиб в этом сражении. А прусский король был убит известием о том, что всего через шесть дней после начала войны прусская армия практически прекратила свое существование.
Наполеон шел прямо на Берлин. Были заняты герцогство Гессен-Кассель, Брауншвейг, Эрфурт, Галле, Виттемберг и др. Император торжественно въехал в Берлин 27 октября 1806 года. Надо отметить, что население городов не оказало Наполеону особого сопротивления, более того, во многих местах его встречали, что называется, «с музыкой». К 8 ноября французы практически полностью заняли территорию Пруссии. Был взят в плен отряд Блюхера, некоторые сильные крепости с большими гарнизонами просто позорно сдались на милость французов без единого выстрела по первому же требованию наполеоновских офицеров. При занятии сданного пруссаками Штеттина обеспокоенный Ней якобы сказал своему офицеру: «Поскорее отбирайте у них ружья, их гораздо больше, чем нас». Королевский двор укрылся в Мемеле, Фридрих Вильгельм с ужасом ожидал решения своей участи и участи своей страны. По выражению Гейне, «Наполеон дунул на Пруссию, и она перестала существовать».
Бонапарт чувствовал себя на вершине могущества. Может быть, именно это настроение привело его к мысли, что пора решительно покончить со своим основным соперником – Британией. В самом деле, вокруг императора одна за другой рушились старинные династии, прекращали свое существования государства, а Англия была все еще сильна. 21 ноября в Берлине Наполеон подписал свой знаменитый указ об организации континентальной блокады. Согласно этому указу, запрещалась всякая торговля и всякие сношения с Британией. Император хотел удушить Англию экономически, лишив ее европейского сырья, а главное – европейского рынка сбыта. Эта блокада впоследствии стала своеобразной идеей фикс для великого полководца. Для того чтобы она была действенна, нужно было заставить придерживаться ее абсолютно все страны Европы, что при и так неуемном властолюбии и больших амбициях Наполеона вело к новым и новым войнам. А английские товары тем временем все равно просачивались в Европу – через контрабандные окна, незахваченные государства, под американским флагом и т. д. и т. п. Наполеон устраивал облавы на своих же чиновников и магазины внутри страны, в Европе пылали костры из английских тканей и продуктов, император бесцеремонно занимал портовые города… Блокада наносила вред не только англичанам, но и французским торговцам, но из любого экономического кризиса Бонапарт делал только один вывод: пора как можно скорее кончать с Англией, тогда, после победы над ней, можно будет снять блокаду.
Прусская война, собственно, не была окончена разгромом самой прусской армии. На помощь Фридриху Вильгельму выступил русский император, имевший вполне веские причины для этого. Помимо союзных обязательств и материальной помощи со стороны Англии, среди них были и опасения за свои польские владения (Наполеон заигрывал с поляками, намекая на восстановление их королевства, разделенного еще в конце XVIII века), и близость французов к российским границам, и невыгодность для России объявленной Наполеоном блокады, и, наконец, желание взять реванш за Аустерлиц. Русские войска двинулись в Веточную Пруссию и Польшу. Туда же направил свое 100-тысячное войско и Наполеон.
26 декабря 1806 года состоялась первая большая битва при Пултуске на реке Нарев, где встретились корпус Ланна и войска Беннигсена. Сражение, в общем, закончилось вничью. Декабрьские сражения показали французам, что им придется иметь дело с гораздо более стойкими и лучше организованными, нежели прусские, русскими солдатами. Наполеон подтягивал резервы. Зиму 1806/07 года было решено провести в Варшаве. Здесь французы были приняты исключительно радушно. Поляки надеялись на то, что император поможет им восстановить независимое государство. Лично для Наполеона пребывание в Польше ознаменовалось бурным романом с местной красавицей Марией Валевской. Приложив неожиданно большие для хозяина Европы усилия, чтобы добиться взаимности Марии, Бонапарт сделал все для того, чтобы в армию не приехала его законная супруга Жозефина. Он жаловался на тяготы походной жизни, плохие погодные условия. Условия, и правда в самом деле были не ахти. Тем не менее, в начале января в Варшаву пришло известие, что, несмотря на «не сезон», русские опять начали активные действия.