Весна и лето 1794 года открывали перед молодым генералом блестящие перспективы дальнейшего продвижения наверх при поддержке семьи Робеспьер, но в термидоре (июле) он получил известие, которое могло навсегда оборвать его военную карьеру и даже жизнь. 9 термидора в Париже произошел переворот. Терроризировавшие всю страну лидеры якобинцев – оба Робеспьера, Кутон, Сен-Жюст и другие – были арестованы и казнены. По всей стране начались аресты всех, кто имел какое-либо отношение, тем более близкое, к свергнутым вождям. Был арестован и Наполеон. Его посадили в антибский форт на берегу Средиземного моря. Там в ожидании смертного приговора молодой генерал провел две недели. Он сохранял полное спокойствие, продолжал читать и делать заметки. Наполеону повезло, в его бумагах не было найдено ничего предосудительного, и он был выпущен на свободу. Но о таком положении в армии, какое Бонапарт имел при предыдущей власти, можно было на время забыть. О Тулоне уже мало вспоминали, пылились в каком-то столе проекты итальянского похода. Термидорианцы же выяснили, что в армии находится слишком много генералов от артиллерии, и самого молодого из них решено было перевести на другую работу. Комитет общественного спасения приказал Наполеону Бонапарту возглавить пехотную бригаду, с которой он должен был подавлять мятеж в Вандее. Генерал бросился в правительственные кабинеты, доказывая, что он не может командовать пехотой. Вскоре Наполеон узнал, что, оказывается, среди руководителей государства, никогда не выезжавших в армию, полным-полно генералов от артиллерии (одним из них был знаменитый математик и физик Карно). В гневе Бонапарт подал в отставку. Лишь в августе 1795 года его вернули на службу, зачислив именно как генерала артиллерии в топографическое отделение Комитета общественного спасения – прообраз генерального штаба, созданный Карно. Здесь Наполеон опять занялся составлением «инструкций» для Итальянской армии. Он все еще вел очень скромный образ жизни, плохо одевался и питался и при своем небольшом росте отличался еще и крайней худобой.
В очередной раз выйти «на большую сцену» Наполеону суждено было осенью 1795 года. В Париже в это время обострилось противостояние правительства с представителями более благополучной части городского населения. Конфликт разгорелся вокруг проекта новой конституции, по которой Конвент передавал власть в руки Директории из пяти человек, а в новые законодательные органы должны были войти большинство членов действующего Конвента. Жители центральных секций выступили против такого нарушения прав избирателей. Движение против Конвента поддерживали роялисты, которые даже в сильно поправевшей власти видели (в общем, справедливо) остатки революционности. Командующий гарнизоном генерал Мену отказался бороться с мятежными роялистами, и те уже праздновали победу. Их силы численно превосходили те войска, которыми располагала власть. Однако директоры не собирались сдаваться. Мену был арестован. В этой ситуации фактический глава Директории Поль Баррас вспомнил о генерале Бонапарте, которого знал еще по Тулону. Директор действовал быстро и решительно. В ночь на 13 вандемьера (ноября) он призвал Наполеона и предложил подавить мятеж. Тот быстро согласился, но потребовал, чтобы никто не вмешивался в его распоряжения до того момента, когда все будет кончено. Баррас согласился.
Наполеон сориентировался мгновенно. Единственным его шансом на успех было использование артиллерии, большая часть которой, однако, находилась в сорока километрах от дворца Тюильри, где заседал Конвент. Приказ перевезти эти пушки через уже контролируемый мятежниками Париж лихо исполнил командир эскадрона 21-го стрелкового полка – Иоахим Мюрат. С тех пор он стал одним из ближайших соратников Бонапарта. Когда утром роялисты начали собираться возле церкви Св. Роха, чтобы отсюда штурмовать Тюильри, Наполеон отдал приказ «Огонь!». Паперть церкви окрасилась в красный цвет, люди в панике бежали по сплошной кровавой каше. Так мятеж был подавлен, а Наполеон получил прозвище «Генерал Вандемьер». Вскоре оказавший столь важную услугу Директории теперь уже дивизионный генерал был назначен главнокомандующим внутренней армией Парижа, то есть более чем тридцатитысячным гарнизоном столицы.
Таким образом, в свои 26 лет Наполеон Бонапарт занимал высокий командный пост. Перед ним открывались неплохие перспективы. Генералу удалось найти подход практически ко всем ведущим политикам того времени. Самолюбивый и алчный Баррас считал его «олухом» и «простачком», коварный Тальен рассчитывал на него в своей политической борьбе, Фрерон имел виды на красавицу сестру Бонапарта Полину, глава военного ведомства и математик Карно видел в Наполеоне талантливого и вдумчивого артиллериста.