В октябре Наполеон возвращается на Корсику. Жозеф потерпел поражение на выборах от сторонников Поццо ди Борго. Однако, несмотря на это, Бонапарты по-прежнему пользуются дружеской поддержкой таких депутатов, как Саличетти, Чьяппе и Касабьянка. Наполеон встречается с Паоли. Последний, примкнув к Поццо ди Борго, принял его без особой радости. Желая отделаться от визитера, он посылает его во второстепенную по своему значению военную экспедицию. Между тем Наполеон отнесся к ней со всей серьезностью. В этот период, когда после победы при Вальми перед Францией начинают вырисовываться обнадеживающие военные перспективы, родилась идея поставить на место враждебную по отношению к Революции Сардинию. Инициаторы экспедиции рассчитывали, должно быть, конфисковать запасы зерна для снабжения продовольствием юга Франции, но скорее всего для устрашения Флоренции и Неаполя. Руководство операцией было возложено на Трюге. Ему предстояло зайти в порт
Аяччо и взять на борт корсиканских добровольцев. Однако ввиду трудностей, связанных с обеспечением взаимодействия его войск с войсками островитян, принимается решение о формировании двух самостоятельных экспедиций: пока Трюге будет осаждать Кальзри, корсиканцы нападут на остров Маддалена, отделенный от Корсики морским рукавом (Устья Бонифачо) и обороняемый пятьюстами малодееспособными сардинцами. На втором этапе операции Маддалене отводилась роль плацдарма для наступления на Сардинию. В этой-то экспедиции под командованием бывшего депутата Учредительного собрания и родственника Паоли — Колонны Чезари — и предстояло принять участие Бонапарту.