Префекты, так же как сенаторы и законодатели, рекрутировались из бывших членов национальных собраний эпохи Революции. Префект департамента Сена Фрошо, Мунье, сменивший Бори на посту префекта департамента Иль-э-Вилен, Доши (Эн), Ламет (с 1802 года — префект департамента Нижние Альпы), Марки (Мерт), Юге (Алье), Жиро (Морбьян), Мешен (Ланды), Эймар (Леман), Арман (Майен), Жубер (Нор), Рикар (Изэр), Пужар (Верхняя Вьенна) — все это в прошлом члены Учредительного собрания. Беньо (Нижняя Сена), Рабюссон-Ламот (Верхняя Луара), Ружье де ла Берже-ри (Ионна), Монто-Дэзиль (Мэн-и-Луар), Вернейль-Пюира-зо (Коррэз), Булле (Кот-ди-Нор), Ришар (Верхняя Гаронна), Ногаре (Эро), Ламарк (Тарн), Имбер (Луара), Ружу (Сона-и-Jlyapa) — это бывшие депутаты Законодательного собрания. Летурнер (Нижняя Луара), Жан де Бри (сменивший в 1801 году Марсона в должности префекта департамента Дуб), Тибодо (Жиронда), Колшен (Мозель), Кинет (Сомма), Жан Бон Сент-Андре (Майенс), Пеле де ла Лозер (Воклюз), Кошон де Лапарен (Вьенн), Байи (Ло), Мюссе (Крез), Лакост (Форе), Делакруа (Буш дю Рон), Гиймарде (Нижняя Шаранта), Брюн (Арьеж) — все они были членами Конвента. Тексье-Оливье (Нижние Альпы) и Риу (Канталь) прежде заседали в национальных собраниях Директории. В число префектов входило также несколько генералов, дабы никто не забывал об авторитарном характере этой власти. Зато куда меньше было дипломатов и литераторов (Рамон де Карбоньер отказался от должности).
Отбор претендентов производился Первым Консулом по спискам, представленным Камбасересом, Лебреном, Талей-раном и Люсьеном Бонапартом, за которым нередко оставалось последнее слово. Известным весом пользовался также Кларк, устроивший своего дядю Ше на должность префекта департамента Нижний Рейн. Впоследствии эту должность унаследовал родственник Жозефины — Лезе-Марнезиа. Даже если кое-кто из них побывал в свое время министром (Бурдон, Делакруа, Фепу), членом Комитета общественного спасения (Жан Бон Сент-Андре) или директором (Летурнер), теперь, став префектами, они превратились всего лишь в статистов. Главари Революции погибли или находились в изгнании. Но и эти второстепенные персонажи все еще находились во власти настроений 1789 года.
В чем состояли обязанности префектов? Им надлежало представлять правительство в департаментах, а также, во взаимодействии со служащими Дорожного ведомства, усиленного группой выдающихся инженеров (Прони, Беке-Бопре, Дюмустье, Бремонтье), организовывать общественные работы, на проведение которых у Директории не хватало денег. Главной задачей был ремонт дорог, но в их компетенции также находились мосты, речная навигация, порты и фортификационные сооружения. Первые их успехи нередко просто поразительны, однако очень скоро префекты погрязают в бумаготворчестве. Воблан в своих мемуарах сетует на трудности, которые обрушились на него как на префекта департамента Мозель, но это произойдет лишь в 1810 году. Бытовые проблемы — вот с чем в первую очередь столкнулись префекты. В своем отчете министру внутренних дел Тексье-Оливье так сообщает о вступлении в должность: «За одиннадцать часов я, не без труда и изнеможения, добрался наконец вчера до пункта своего назначения. Ужасное состояние дорог и тяготы путешествия по горам сделали мой путь таким долгим». Помещения, отводимые для префектуры, часто не соответствовали своему назначению. Префекту нередко приходилось размещаться в одном помещении вместе с епископом. Впрочем, нет худа без добра: чем дальше от Парижа — тем больше свободы, а следовательно — власти. До префекта департамента Лo новости доходили с шестидневным опозданием. Этот же префект жаловался, что узнал о заговоре XII года из газет и со слов других чиновников. Префектам вменялось в обязанность проявлять инициативу. Правда, их самостоятельность ограничивалась более или менее явным контролем епископа и командира дивизии.
Закон от 27 вантоза VIII года (18 марта 1800 года) дополнил административную реформу, подчинив вновь созданным институтам власти судебную систему. Каждый кантон получил по мировому судье, каждый округ — по гражданскому суду первой инстанции и по уголовному суду, каждый департамент — по общегражданскому суду. Над ними возвышались двадцать девять апелляционных судов, юрисдикция которых приблизительно соответствовала юрисдикции бывших провинциальных судов, а также парижский кассационный суд. Генеральным прокурором был назначен Мерлин Дуэ («поступь гиены», как окрестил его Моле), который обладал, однако, исключительными познаниями в юриспруденции. Хотя несменяемость судей и была восстановлена, они превратились, по сути, в назначаемых Первым Консулом чиновников, а приставленный к каждому суду правительством комиссар играл роль прокурора и надсмотрщика над своими собратьями.